חברת ויטה פרי גליל הגישה לבית המשפט השלום בירושלים תביעה כספית כנגד רשות המיסים, אגף המכס והמע"מ, בגובה של כ-1.6 מיליון ש"ח. בתביעה, שהוגשה באמצעות עו"ד אביגדור דורות ועו"ד שירית נקר, טוענת ויטה גליל, כי המדינה גבתה ממנה מכס שלא כדין, תוך שהיא מסתמכת על צו שתוקפו פקע מכיוון שלא אושר על-ידי ועדת הכספים של הכנסת.
מכתב התביעה עולה, כי עד שנת 1999, מוצרים שונים שויטה פרי גליל ייבאה ממדינות הקהילייה האירופאית כמו פסטה, ותירס מתוק היו פטורים ממכס. בינואר 1999 פורסם ברשומות תיקון לצו תעריף המכס והפטורים ומס קנייה על טובין ובמסגרתו הוטלו מכסים על מגוון מוצרים, ביניהם המוצרים לעיל. בהתאם לתיקון זה שילמה ויטה פרי גליל ממרס 1999 ועד יוני 2003 מכס על אותם מוצרים בעת שחרורם מפיקוח רשות המכס.
אולם, לחברה נודע כי התיקון הנדון לא אושר על-ידי ועדת הכספים של הכנסת, כנדרש בחוק. לפיכך, תוקפו של הצו פג חודשיים בלבד מיום פרסומו. מכאן, טוענת ויטה, מחודש מרס 1999 המוצרים לא היו חייבים בתשלום מכס.
לאחר שתוקפו של התיקון פג, המדינה פעלה לתיקון צו חדש שיטיל מכסים על אותם מוצרים, אך צו זה פורסם רק ביוני 2003 ואושר על-ידי ועדת הכספים רק בחודש ספטמבר 2003.
ויטה פרי גליל פנתה במכתב לרשות המיסים ודרשה השבת דמי המכס ששולמו על ידה בהמלך אותה התקופה שבה הצו לא היה בתוקף. לטענתה, המדינה דחתה את בקשתה.
בתביעה נטען כי בתקופה הרלוונטית לתביעה, לא זו בלבד שהחברה לא מכרה את מוצריה ברווח, אלא שהמכירות לא כיסו את מלוא ההוצאות, דבר שהוביל להפסדים בכל אחת משנות המס הרלוונטיות. בעקבות ההפסדים, החלה ויטה פרי גליל בחודש אוגוסט 2004 בתוכנית הבראה, מתוך רצון להשתקם ולהמשיך לספק פרנסה ל-600 העובדים במפעלי החברה, בעיירות הפיתוח חצור הגלילית וקריית מלאכי.