בין הזרוע הצבאית של החמאס לדרג המדיני התגלעו סכסוכים חריפים ומחלוקות באשר לדרכה של התנועה נוכח העמדות המשתקפות מקווי היסוד של ממשלת האחדות הפלשתינית. מקורות ערביים מדווחים (יום ג', 27.3.07) על מרד פנימי ועל פילוג אפשרי בתנועה. מחמוד א-זהאר, שר החוץ היוצא בממשלת החמאס ומי שמפגין את הקו הניצי בחמאס, מותח ביקורת חריפה על קווי היסוד המצהירים על נכונות הממשלה להקמת מדינה פלשתינית בקווי 67' וכן על נכונותה "לכבד את ההסכמים" עליהם חתם אש"פ מול ישראל.
לעמדותיו של א-זהאר מצטרפים אחיו, יוסף, מראשי הכח המיוחד של החמאס ועמיתו, אבו עוביידה אל-ג'ראח, מראשי הזרוע הצבאית. אלו מגנים את "היחסים החמים הנרקמים בין ראש הממשלה איסמעיל הנייה ליו"ר הרשות, אבו מאזן, על אף קרבות הדמים בין פת"ח לחמאס". מקורות פלשתינים מעריכים, כי אנשי הזרם הקיצוני של החמאס ברצועה הם שעומדים אחרי שורת תקריות הירי והחטיפות, שאירעו בימים האחרונים ברצועה ובמהלכם נרצח קצין מודיעין פלשתיני.
גורמים פלשתינים מדווחים, כי הנייה מאבד את שליטתו על הזרוע הצבאית של החמאס, אליה חברו באחרונה גורמי אל-קאעידה שאף משתתפים במבצע להסתרתו של החייל השבוי, גלעד שליט. ראשי אל-קאעידה אינם מסתירים את ביקורתם על ממשלת החמאס על שהחליטה להצטרף למשחק הפוליטי ברשות הפלשתינית ובעיקר על קבלתה את קווי היסוד של ממשלת האחדות. אל-קאעידה מאשימה את צמרת החמאס בבגידה ובמכירת אדמות פלשתין תמורת השלטון ברשות הפלשתינית.
ברצועה פועלות חוליות המכנות עצמן "חרבות האמת" ויש המעריכים כי הן פועלות תחת אל-קאעידה במבצע המכונה "הארץ הלבנה" שמטרתו לטהר את פלשתין מראשי הפתח והחמאס המתונים. למבצע הארץ הלבנה מספר מטרות נוספות, כגון, פגיעה בראשי החמאס ובאלו המחזיקים בתפקידים שלטוניים בכירים, חטיפות בעלי תפקידים החשודים בשחיתות, הוצאתם להורג לעיני מצלמות הטלוויזיה, פגיעה בבתי קפה אינטרנט ובתי מרקחת בהן נמכרים חומרים המשמשים כתחליף סם. פשתטינים מעריכים כי אנשי אל-קאעידה הם גם שחטפו באחרונה את בכיר אונר"א ברצועה.
פרשנים מעריכים, כי גם תהליך האיסלאמיזציה העובר על החברה הפלשתינית ונטיית הרחוב לתנועות באיסלאמיות מסייע בוודאי להתחזקותה של אל-קאעדה ברצועה.
