הוועד המנהל של אוניברסיטת תל אביב, על-פי בחירתו של הנשיא הנבחר פרופ' צבי גליל, אישר את מינויו של מרדכי כהן למנכ"ל הבא של אוניברסיטת תל אביב. המינוי ייכנס לתוקף ב-1.6.2007 עם סיום תפקידו של פרופ' גדעון לנגהולץ, המנכ"ל היוצא.
יו"ר הוועד המנהל של האוניברסיטה, דב לאוטמן, והנשיא היוצא, פרופ' איתמר רבינוביץ, הביעו את הערכתם העמוקה לפרופ' גדעון לנגהולץ ולתפקיד החשוב שמלא בהתגברות על המשבר התקציבי, בבנייה של מנהל אוניברסיטאי יעיל על יסודות חדשים, במימוש שורה של פרויקטים ובהם מעבר הסגל האקדמי לפנסיה צוברת, תוכנית פרישה מוקדמת לסגל מינהלי, וכן שורה של פרויקטים פיזיים, ובראשם תכנון קריית מעונות חדשה בדרום הקמפוס, ושיפוץ המעונות הקיימים.
כהן הוא בוגר החוג לכלכלה באוניברסיטה העברית ומוסמך אוניברסיטת תל אביב במינהל עסקים. כהן, יליד 1948 ,שימש בעבר בתפקידים שונים באוניברסיטת תל אביב ובתפקידו האחרון באוניברסיטה שימש כסמנכ"ל להנדסה. כיום כהן ממלא תפקיד מנכ"ל במכללה האקדמית של תל אביב יפו.