ועדת וינוגרד פרסמה (יום ה', 10.5.07) חלקים מעדויותיהם של אהוד אולמרט, עמיר פרץ ודן חלוץ, אך עצם הפרסום אינו מקובל על כל חברי הוועדה. בהודעה לעיתונות שהוציאו שני חבריה, אלוף (מיל.) מנחם עינן ופרופ' רות גביזון, קובלים השניים על כך שלמעשה אולצו על-ידי ביהמ"ש ורוב חברי הוועדה לפרסם את העדויות, אך למעשה - התנגדותם לפרסום בעינה עומדת. לטענתם, פרסום הפרוטוקולים עלול לפגוע בבטחון המדינה ובאינטרסים המדיניים.
"איננו יכולים להיות שותפים לה [לעמדת ביהמ"ש והוועדה, ע.י.]. אנחנו מצטרפים להליך פרסום התמלילים המקוטעים 'במחאה', בשל כך שהטענות העקרוניות שהעלתה הוועדה לא קיבלו לדעתנו מענה לגופו של עניין", כתבו עינן וגביזון בהודעה מיוחדת מטעם הוועדה עצמה, על-דעת כל חבריה.
הוועדה עצמה, הכוללת כמובן את גביזון ועינן, פרסמה הודעה נפרדת שבה ניתן דיווח יבש על פרסום החלקים הלא חסויים מעדויותיהם של ראש הממשלה, שר הביטחון והרמטכ"ל לשעבר.
כידוע, במצוות בג"צ מפרסמת הוועדה את העדויות ותיערך לבחון תמלילים אחרים. הדבר נעשה אחרי שפורסם הדוח החלקי של הוועדה ביום 30 באפריל 07'. בתצהיר התשובה בעתירה ביקשה הוועדה כי יינתן לה לבדוק מחדש את נושא פרסום התמלילים המקוטעים אחרי פרסום הדוח החלקי. בית המשפט לא נענה לבקשת הוועדה. בעקבות זאת, רוב חברי הוועדה החליטו להודיע לבית המשפט כי הוועדה תפרסם את התמלילים לאחר פרסום הדוח החלקי, בעוד שעינן וגביזון העדיפו כי בית המשפט עצמו יפסוק וינקוט עמדה לגבי טענותיהם.
בהודעתם, הסבירו כי לא היו יכולים להצטרף להודעת הוועדה. משום שלהערכתם, לא נכון לנהוג בתמלילי עדויות שניתנו בפנינו בדלתיים סגורות כאילו פגיעתם היחידה היא בכך שפרסום תוכן הדברים באופן מפורט עלול לפגוע בבטחון המדינה או ביחסי החוץ שלה, וכי לכן בדיקת הצנזורה מסלקת את הקושי. לטענתם, פרסום קטעי התמלילים מעורר גם סוגיות אחרות וחשובות. "קני המידה המופעלים על-ידי הצנזורה ומחלקות ביטחון המידע אינם נותנים מענה מספיק מבחינתנו לסוגיות המתעוררות בסוגי החומרים הכלולים בתמלילים", כתבו עינן וגביזון.
הם סבורים כי ראוי שבנושאים אלה יתקיים דיון מושכל, שבמסגרתו ישוקללו האינטרסים החשובים בשקיפות ובזכות הציבור לדעת מול אינטרסים אחרים, כגון: בטחון המדינה במובן הרחב, היכולת לקיים דיונים והתייעצויות ללא מורא ובצורה גלויה, כיבוד ציפייתם של עדים לכך שדבריהם לא יפורסמו, זכויותיהם של עדים ושל מי שעדים דנים בהם ואינם יכולים להגיב, יכולתה של ועדת חקירה לצפות כי עדים המופיעים בפניה ידברו בגילוי-לב על עמיתיהם, מפקדיהם ופקודיהם, וכן היכולת של גופי חקירה לקיים חקירה בלי שתהיה ציפייה כי חומרי החקירה יפורסמו.
בהודעתם המשותפת כתבו עוד: "אנו ערים כמובן לכך כי הוראות סודיות וטענות על בטחון המדינה שימשו ומשמשים לא מעט על-מנת להסתיר ולהשתיק מידע שראוי לגלותו. הנטייה לעמוד על דרישות של שקיפות ושל חופש מידע היא חיובית וחשובה. עם זאת, אין לאפשר לה לטשטש את החשיבות והחיוניות של חיסיון ושל סודיות במקרים מתאימים. אנו מצרים על כך שהוועדה לא השכילה לקיים חלק משמיעת העדים בדלתיים פתוחות. יחד עם זאת, איננו סבורים כי בדיעבד נכון היה לחייב אותנו לעסוק בעריכתם ובקיטועם של תמלילי עדויות שניתנו בדלתיים סגורות".
עינן וגביזון גם הגיבו לטענה כי הדברים ממילא כבר ידועים, ואומרים כי הדבר תרם לעובדה שמחאתם על פרסום התמלילים לא היתה חריפה יותר, וסייגו: "מציאות זו גרועה בעינינו ואנו סבורים כי יש ללחום נגדה. בנוסף, אין דומה מה שהודלף לעיתון או נכלל בספר למה שנאמר בעדויות בפני הוועדה שחומרים סודיים היו זמינים לה בצורה שיטתית".
בסיכום דבריהם כתבו כי אינם רוצים כי ייווצר מצב שבו ישראל לא תוכל בעתיד להקים ועדה שתחקור את מלחמותיה, שכן חקירה כזו תחייב כמעט בהכרח פגיעה באינטרסים חיוניים של המדינה. "דווקא מי שהרצון לחקור באומץ ולהפיק לקחים - מערכתיים ואישיים - נמצא בלב מעייניו - צריך לדאוג גם לכך שהליכים כאלה לא ייפגעו שלא לצורך באינטרסים חיוניים של המדינה", חתמו עינן וגביזון את הודעתם.
