ברצועת עזה הוקמו שלוחות של ארגון אל-קאעידה. קיים שיתוף פעולה הדוק בין אל-קאעידה בעזה לבין תנועת החמאס. כך מאשר גורם ביטחוני פלשתיני, בראיון לאל-קודס אל-ערבי (שבת,12.5.07).
ברצועת עזה פועלות, לדברי הגורם הביטחוני, שתי קבוצות איסלאמיות קיצוניות המטיפות לחזרה לשורשי האיסלאם, האחת מסתפקת בהטפה דתית והאחרת מאמצת את הג'יהאד כמדיניות רשמית, ולה קשרים עבותים עם ארגון אל-קאעידה העולמי. את הסניף המקומי של ארגון אל-קאעידה העולמי הקימו פעילים שהגיעו מחוץ לרשות הפלשתינית בעלי אזרחויות ערביות שונות.
הגורם הביטחוני הפלשתיני מזהה בין ארגון "צבא האיסלאם" לבין אל-קאעידה, ומציין כי הוא זה אשר אחראי לחטיפת העיתונאי הבריטי אלן ג'ונסטון ופרסום הדרישה לשחרור אבו קתאדה מהכלא הבריטי. עוד אחראי הארגון על פיצוץ בתי קפה האינטרנט, מספרות, בתי מרקחת וחנויות למכירה של טלפונים סלולאריים.
צבא האיסלאם הינו אחד משלושת הארגונים שחטפו את החייל הישראלי, גלעד שליט, בקיץ 2006, יחד עם החמאס וועדות ההתנגדות העממית. הפעולה המשותפת עשויה ללמד על קשרים בתחום המבצעי בין החמאס לבין השלוחה של אל-קאעידה ברצועת עזה.
תחת ממשלת החמאס וממשלת האחדות הלאומית הפלשתינית משגשגים ארגוני הטרור הפלשתינים למיניהם. מחנות אימונים נפתחים לעשרות, הברחת אמצעי הלחימה אינה חדלה, שיגור רקטות הקסאם לעבר ישובים ישראלים הינו מעשה של יום ביומו, וההסתה לג'יהאד נגד ה"כופרים" מופצת בכל הערוצים הרשמיים ובמערכת החינוך כחומר לימוד חובה.
סגן מנהיג החמאס, מוסא אבו מרזוק, אמר בהקשר זה בראיון לעיתון "אל-ליווא" (10 באפריל 2007) את הדברים הבאים: "בראש מצע (הממשלה) ניצבת ההתנגדות. נכנסנו לממשלה על-מנת לבסס את ההתנגדות ולהעניק לגיטימציה להתנגדות. לכן נקבע, כי ההתנגדות היא זכות המוקנית לעם הפלשתיני. כבוד הוא לממשלה הזו שלא עצרה לוחם ג'יהאד ולא גינתה ולו פעולה אחת נגד האויב הציוני".