ועדת וינוגרד התקפלה. ועדת וינוגרד החליטה, בימים אלה, להוציא מכתבי אזהרה לכל הגורמים העלולים להיפגע ממסקנותיה. המדובר בהחלטה עקרונית, עוד בטרם החליטה הוועדה למי מהאישים ו/או הגורמים היא תוציא מכתב אזהרה. הוועדה כותבת: "
הודעות מתאימות [מכתבי אזהרה, י.י.] תצאנה מייד כאשר תגיע הוועדה להחלטות שתאפשרנה זיהוי ראשוני של מי שעלול להיפגע מן הדוח ושל הצורה בה הוא עלול להיפגע".
ההחלטה מתייחסת גם לדרג הצבאי, גם לדרג המדיני, וגם לגורמים המצויים כיום מחוץ למערכת הציבורית והצבאית. הוועדה הודיעה כי היא תפעל על-פי "כללי הצדק הטבעי". במכתב לסניגוריה הצבאית, שביקשה לאפשר לקצינים להתגונן, נאמר, בין היתר: "הוועדה תקפיד לפני גיבוש הנוסח הסופי של הדוח לאפשר לכל מי שעלול להיפגע מן הדוח שלה לדעת במה הוא עלול להיפגע ולטעון בפניה בנוגע לפגיעה זו - אם הדבר לא נעשה עד כה".
ההחלטה התקבלה לאחר שכמה גורמים, ובראשם ראש הממשלה, אהוד אולמרט, והסנגוריה הצבאית, דרשו מהוועדה להודיע להם, ומראש, אם הם עלולים להיפגע - וזאת כדי שיוכלו להגן על עצמם, לחקור עדים ולהציג את גרסתם הסופית בפני הוועדה.
הוועדה טרם הודיעה רשמית, לדרג המדיני והפוליטי, על החלטתה. בשלב זה השיבה הוועדה, בכתב, רק לסניגוריה הצבאית.
במכתב לסניגורית הצבאית הראשית כותב וינוגרד, כי מלכתחילה פעלה הוועדה בדרך שהבטיחה את זכויותיהם של אלה העתידים להיפגע, ובכוונתה להמשיך ולפעול כך גם בעתיד. במכתבו אומר וינוגרד, כי בימים אלה שוקדת הוועדה כדי לגבש עמדתה כדי לקבוע מי אלה העלולים להיפגע ובאילו עניינים, וכאשר יוחלט - הוועדה תודיע על-כך ותאפשר להם לטעון בפניה.
הלחץ על הוועדה הופעל משפטית ופומבית בעיקר מצד הסנגוריה הצבאית, ובאי-כוחה, עורכי הדין פיני רובין ורם כספי. זה האחרון מזוהה בעיקר כידידו וכמקורבו של אולמרט, ומשום כך, התבטאותו המחייבת מכתבי אזהרה, נקלטה גם בוועדה כעמדתו של אולמרט.
גם משפטנים בכירים חיוו את דעתם בעד פרסום מכתבי אזהרה, כדי ליתן הזדמנות נאותה לאישים העלולים להיפגע. הבכיר שבהם הוא שופט בית המשפט העליון (בדימ.), אליהו מצא, אשר מחד-גיסא, קבע כי פרסום דוח הביניים היה בבחירת כורח לא יגונה, למרות שבדוח הופנתה אצבע מאשימה כלפי שורה של אישים, ובראשם אולמרט, שר הביטחון עמיר פרץ, והרמטכ"ל דן חלוץ; אך מאידך-גיסא, חייב פרסום מכתבי אזהרה לקראת הדוח הסופי.
ההחלטה לשגר מכתבי אזהרה מהווה שינוי מהותי מצד חברי הוועדה, ובראשם השופט (בדימ.) אליהו וינוגרד, שהתעקשו עד לאחרונה שלא להוציא מכתבים כאלה. תוצאת ההחלטה: עיכוב של חודשים רבים בפרסום הרשמי של החלטות הוועדה, שהייתה אמורה לפרסם החודש את הדוח הסופי (יולי 2007), ולאחר מכן דובר על אוקטובר-נובמבר 2007, ועתה נראה כי הדוח יפורסם רק בשלהי שנת 2008.