נגד מחיל הים נפצע (יום א', 29.7.07) באורח קשה כתוצאה מפיצוץ שנגרם מתקלה טכנית במערכת קירור המזון בתוך ספינה. הנגד הועבר להמשך טיפול בבית החולים רמב"ם בחיפה והודעה נמסרה למשפחתו. האירוע מתוחקר על-ידי חיל הים.
הפיצוץ אירע הבוקר בספינת טילים במפרץ חיפה בעת עבודות ריתוך של דוד חימום על הספינה. צוותי הרפואה העניקו לנגד טיפול ראשוני ומאוחר יותר הועבר לבית החולים. מצבו מוגדר כעת קשה אך יציב.
לפני שלושה ימים בלבד הודיע מפקד חיל הים על סיום תפקידו. האלוף דוד בן בעש"ט נפגש עם הרמטכ"ל גבי אשכנזי וביקש ממנו לא להמשיך לכהונה נוספת בתפקיד. הקדנציה של מפקד חיל הים תסתיים בחודש אוקטובר לאחר שלוש שנים בתפקיד. שירותו של בן בעש"ט משתרע על פני 37 שנות פיקוד בים, במטה ומעבר לים.
פרישתו של האלוף נעשית על-רקע פגיעת טיל ששיגר חיזבאללה במלחמת לבנון השנייה ופגע בספינת הטילים אח"י חנית. בתקרית נהרגו ארבעה חיילים - רס"ר דב שטרנשוס, סמל שי אטיאס, סמל יניב הרשקוביץ וסמ"ר טל אמגר. בעקבות אותו אירוע ספג בן-בעש"ט ביקורת חריפה בציבור. לפי התכנון המקורי, היה בן-בעש"ט אמור להמשיך בתפקיד עוד כחצי שנה. מקורביו של האלוף דוד בן בעש"ט אומרים כי החלטתו לפרוש אינה קשורה לביקורת על תפקוד החיל במלחמת לבנון השנייה.