חברת אל-על הוכרזה (א') על-ידי שר התחבורה, שאול מופז, כמוביל הנקוב בקו בין ישראל ליפן, ומופז אישר לה לבצע לראשונה טיסות נוסעים ומטען סדירות למדינה זו. משמעות הדבר - אל-על מקבלת עדיפות על חברות התעופה הישראליות האחרות, ארקיע וישראייר, בהפעלת קו לטיסות סדירות בין המדינות.
בלשכת השר אומרים כי בשלב הראשון תבצע החברה טיסות מטען סדירות לעיר נאגויה שביפן. "עם קבלת אישור מהשלטונות היפניים לנחות באחד משדות התעופה הקרובים לטוקיו - תחל אל-על לבצע גם טיסות נוסעים". נאגויה היא העיר הרביעית בגודלה ביפן, אך התיירות בה היא מצומצמת יחסית לערים הגדולות כגון טוקיו ואוסאקה.
סקירה של מצב העניינים בתחום התעופה בין ישראל ויפן עלולה לצנן מעט את ההתלהבות במשרד התחבורה; הסיבה שבעטיה אל-על אינה טסה ליפן היא העובדה שרשויות התעופה היפניות מאפשרות כיום נחיתה של מטוסיה רק בשדה התעופה באוסאקה, המרוחקת מהעיר טוקיו. עקב-כך קבעה הנהלת אל-על כי אין כל כדאיות כלכלית בהפעלת קו טיסות למדינה הזאת.
ממשרד התחבורה מסרו כי ראשי מנהלי התעופה האזרחית של ישראל ויפן צפויים להיפגש בקרוב ולהסדיר את תחילת טיסות המטען של אל-על לנאגויה. מנכ"ל משרד התחבורה, גדעון סיטרמן, ציין כי בכוונת אל-על להתחיל את טיסות המטען ליפן מייד עם קבלת האישור מהשלטונות היפנים.
היקף הסחר בין ישראל ויפן הוא מהגבוהים ביותר שיש למשק הישראלי עם מדינה אחרת. עיקר הסחר הוא כמובן ייבוא של מוצרים שונים, שבראשם כלי-רכב ומוצרי אלקטרוניקה והיי-טק. אל-על היא מחברות התעופה המרכזיות הבודדות שאינן טסות ליפן. היא אינה פותחת קו של טיסות נוסעים למרות בקשות חוזרות ונשנות מצד אנשי עסקים, ומצד לשכת המסחר ישראל-יפאן. טיסותיה היחידות מיפן היו להבאת קבוצות של בני כת המאקויה.