ארגון אל-קאעידה מבסס את נוכחותו בשטחי הרשות הפלשתינית ברצועת עזה ובגדה המערבית. מקורות פלשתינים מוסרים ל"אל-קודס אל-ערבי" (8.12.07), כי ארגון אל-קאעידה הופך למקור משיכה עבור פעילים מארגון החמאס המאוכזבים ממדיניות הפיגועים של התנועה. לדברי מקורות אלה, פעילי חמאס, ובפרט מיחידת המתאבדים, הקימו חוליות הנוהגות על-פי דרכו של ארגון אל-קאעידה.
יו"ר הרשות הפלשתינית, אבו מאזן הזהיר לפני מספר חודשים מפני התבססות ארגון אל-קאעידה בחסות תנועת החמאס שתפסה את השלטון בהפיכה צבאית באמצע חודש יוני. בראיון לטלוויזיה האיטלקית אמר אבו מאזן (9 ביולי 2007), כי ארגון "אל-קאעידה נכנס לרצועת עזה באמצעות החמאס. (תנועת) חמאס היא זו שנותנת חסות לאל-קאעידה ובדרכיה צמאות הדם הפכה להיות קרובה מאוד לאל-קאעידה. מסיבה זו עזה בסכנה וזקוקה לסיוע".
ראשי החמאס מוטרדים מחדירת אל-קאעידה לרצועת עזה והשפעת תפיסת העולם של הארגון על פעילים ומנהיגים בחמאס. על חומרת המצב בעיני החמאס מעידה סדנה בנושא זה שערכה התנועה ב-30 במרס 2007. ד"ר זכריא זיין א-דין, יו"ר אל-מוג'מע אל-איסלאמי (ארגון הצדקה הגדול של החמאס), שסיכם את הדיונים במסמך שפורסם באתר האחים המוסלמים, מציין כי הרעיונות הקיצוניים של אל-קאעידה קונים אחיזה גם בקרב בכירים בחמאס. הוא מוסיף, כי ביטויים לכך ניתן למצוא בהוצאת פסקי הלכה קיצוניים המתירים את דמם של פעילי הפתח, בהתנגדות של אנשי חמאס לעמדות "המאוזנות" של התנועה ובאימוץ תפיסת העולם הקיצונית של אל-קאעידה המאשימה את הזולת בכפירה, ובכך מתירה את דמו.
שני ארגוני טרור פלשתינים נחשבים לקשורים ישירות לאל-קאעידה: "צבא האיסלאם", שהיה שותף עם החמאס בפיגוע חטיפתו של החייל גלעד שליט ו"צבא האומה", שפרסם לא מכבר סרטוני וידיאו המתעדים את האימונים שערכו פעיליו ברצועת עזה. גם ארגון ועדות ההתנגדות העממית מקיים ככל הידוע קשרים עם גורמים באל-קאעידה. תאים של אל-קאעידה נחשפו גם בגדה המערבית. בתחילת 2006 ערכו כוחות הביטחון הישראלים שני תושבי שכם, החשודים בחברות בארגון אל-קאעידה ובקשר עם פעילי הארגון בירדן.
עתה הרושם הוא שכאשר מטיחים בהם זאת הם משיבים לא בהכחשה אלא ב"אז מה"?
