החקירה הגלויה בפרשת רשות המיסים נפתחה בינואר 2007 על-פי החלטת היועץ המשפטי לממשלה, מני מזוז, ופרקליט המדינה דאז, ערן שנדר. זאת בתום מספר חודשים של חקירה סמויה שנוהלה על-ידי יאח"ה, ושכללה האזנות סתר ולאחר שבחודש יולי 2007 הועברו חומרי החקירה והמלצות המשטרה לפרקליטות.

במהלך החקירה נאסף חומר רב מאוד נגד החשודים. נגבו כ-600 הודעות מחשודים ומנחקרים אחרים, נתפסו מאות תיקים העוסקים בקידום עובדים ברשות, תיקים אישיים, תיקי מכרזים ועוד.

בחומר החקירה נכללות גם שיחות רבות שהוקלטו במסגרת האזנות סתר, במהלך השלב הראשוני של החקירה הסמויה.

בהקשר זה, של פרשה שבה החשדות הראשונים נחשפו באמצעות האזנות סתר, מדגישים אנשי משרד המשפטים את הצורך הרב שהם רואים בשימוש בהאזנות סתר במאבק בפשיעה בכלל, ובשחיתות הציבורית בפרט.

הכמות הרבה של חומר החקירה, כמו גם מורכבותו, חייבו עבודה יסודית וזהירה ביותר של צוות הפרקליטים שעסק בפרשה, בראשות מנהלת המחלקה הכלכלית, אביה אלף, ואנשי המחלקה הכלכלית, דן אלדד, יוחאי בן שמואל, יוסי אלון ועמרי קופלר. עבודתם לוותה על-ידי היועץ המשפטי לממשלה, וע"י והמשנה לפרקליט המדינה, שוקי למברגר, שקיימו מספר דיונים בהם נותח ולובן חומר הראיות, ונקבע המתווה הנורמטיבי של האישומים שגובשו. בדיונים אלה השתתפו, מלבד צוות הפרקליטים שעסק בתיק, גם המשנה לפרקליט המדינה, שי ניצן ומנהלת המחלקה הפלילית בפרקליטות, אפרת ברזילי.

פרקליט המדינה הנוכחי, משה לדור, פסל עצמו מטיפול בתיק, מאחר ובתקופת היותו עו"ד פרטי ייצג את אחד החשודים בפרשה זו.

כאמור, בתום בחינת החומר במחלקה הכלכלית בפרקליטות המדינה ובדיונים האמורים בלשכת היועץ המשפטי לממשלה ובפרקליטות, שלחה (יום ה', 3.7.08) מנהלת המחלקה הכלכלית מכתבים לשמונה מהחשודים בפרשה, באמצעות באי-כוחם, בהם נמסר להם כי לאחר בחינת חומר הראיות בפרקליטות, נשקלת הגשת כתבי אישום בעניינם, והם הוזמנו לשימוע. החלטה באשר להגשת כתבי אישום תתקבל רק לאחר תום הליכי השימוע.

השוחד בפרשה זו ניתן בעיקר בדרך של הפעלת השפעה לשם קידומם של עובדים בתוך הרשות. בן-גור וקארשי, שצברו השפעה עצומה ברשות, הבטיחו לעובדים בכירים וזוטרים לסייע להם להתקדם בתפקידיהם ברשות. בהמשך לכך השניים אכן הפעילו השפעתם לקידומם, קידום שיש לו כמובן ערך רב עבור העובדים, גם מעבר לערך הכספי. בתמורה רתמו עובדים שקיבלו סיוע מקארשי ובן גור, את השפעתם לקידומם של עובדים נוספים, לפי דרישתם של בן-גור וקארשי, וכך הם סייעו לבן-גור ולקארשי לצבור כוח והשפעה נוספים ברשות. בנוסף פעלו חלק מהעובדים כדי לסייע ולקדם את ענייניהם האישיים של בן-גור, קארשי ומקורביהם ברשויות המס. למצא, כראש הרשות, היה חלק מהותי ביצירת מצב זה.

על-פי החשדות, לקראת סוף שנת 2005, פנה בן-גור למצא, והציע לו להפגיש בינו לבין קארשי, זאת כדי שקארשי יכיר אותו ויפעל, באמצעות אחותו, שולה זקן, לקידום מינויו של מצא לראש הרשות. מצא הסכים להצעה, ובהתאם לה נפגש עם קארשי בביתו, יחד עם בן-גור.

בן-גור וקארשי הבטיחו למצא לפעול על-מנת שהוא זה שייבחר מבין המועמדים למשרת ראש רשות המיסים. בתמורה לעזרתם ביקשו ממנו בקשות שונות ובעיקר כי מצא יקדם עובדים ברשות על-פי בקשותיהם, וזאת כדי להרחיב את השפעתם ברשות המיסים.

מהראיות עולה לכאורה שג'קי מצא היה משוכנע כי לפעולות של בן-גור וקארשי הייתה תרומה מהותית למינויו. מצא אכן פעל לאחר מינויו כראש הרשות לקידום ענייניהם של קארשי ובן-גור, וזאת בניגוד לאינטרס הציבורי עליו היה מופקד: הוא מינה וקידם עובדים ברשות בהתאם לדרישותיהם של בן-גור וקארשי; הוא שיתף את בן-גור וקארשי בקבלת החלטות באשר למינוי ולקידום עובדים ברשות; כאשר לא מילא את דרישותיהם של בן-גור וקארשי, הוא פעל להפיס את דעתם בהסברים, בשכנוע, ואף בהתנצלויות ובהבטחות לפיצוי. מצא התערב, לבקשתם של בן-גור וקארשי, התערבות פסולה בתהליכי מינוי, לרבות בהליכי מכרז על-פי דין. בין היתר העביר מסרים למועמדים שסיכנו את בחירת המועמדים מטעמם של קארשי ובן-גור כי עליהם להסיר את מועמדותם.

בנוסף, אפשר מצא לקארשי ובן-גור להודיע לעובדים על קידומם הצפוי או על אי קידומם, לפני מתן הודעה רשמית על כך, כל זאת על-מנת שיוכלו להפגין בפני העובדים את השפעתם ברשות או את מעורבותם במינוי.

בין היתר, אפשר מצא לבן-גור לראיין עובדת רשות המיסים שהייתה מועמדת לקידום. במהלך הראיון יצר בפניה בן-גור מצג שהוא האחראי לקידומה לתפקיד, ובכך ניסה ליצור מחויבות שלה כלפיו. יש לציין כי תפקיד זה, שאליו אכן התמנתה העובדת, הינו תפקיד שבו יש לה השפעה על החלטות בענייני מיסוי של בן-גור עצמו.

מחומר הראיות גם עולה לכאורה כי שני סמנכ"לים של הרשות, שמואל בוברוב וגידי בר זכאי, נציג הרשות בארה"ב, יגאל סער, ומנהל תחום יבוא אישי במכס, יוסי שטיינמיץ, לקחו שוחד מקארשי ו/או מבן גור, ובתמורה הפעילו את השפעתם ברשות המיסים בנושאים שונים לטובת אינטרסים של קארשי ו/או בן-גור.

על-פי החשד, בן-גור וקארשי, שהם אנשי עסקים פרטיים ובעלי אינטרסים ברשות המיסים, נתנו לכאורה שוחד לעובדים ברשות, ובראשם ראש הרשות, שני סמנכ"לים, נציג הרשות בארה"ב ועובדים אחרים.

מחומר הראיות עולה לכאורה, כי השפעתם העצומה של קארשי ובן-גור נבעה, בין היתר, ממחויבותו של ראש הרשות מצא כלפיהם, בשל הבטחתם לפעול לבחירתו לראש הרשות, ובשל היותו של קארשי אחיה של שולה זקן, מנהלת לשכתו של ראש הממשלה, אהוד אולמרט, אז עוד שר האוצר וממלא-מקום ראש הממשלה, בתפקידיו השונים עוד מימיו כראש עיריית ירושלים.

מן הפרקליטות נמסר כי על-פי החשד, התנהלותם של בן-גור וקארשי לשם מינויו של מצא וכן מעורבותם במינויים ברשות המיסים בהמשך, התאפשרו, בין היתר, באמצעות שימוש בכוחה ובהשפעתה של שולה זקן, אחותו של קארשי, כמנהלת לשכתו של שר האוצר, ובהמשך - כמנהלת לשכת ראש הממשלה.

מחומר הראיות עולה לכאורה כי לבקשתו של קארשי, הנחתה זקן את מצא כי עליו לפנות בכל הנוגע לאיוש תפקידי סמנכ"ל ברשות המיסים, לאחיה יורם קארשי - שהינו איש עסקים ועסקן פוליטי, זקן הבהירה למצא כי עד שלא "יסגור" את עניין המינויים לשביעות רצונו של אחיה קארשי, היא לא תאפשר לו להיפגש עם השר אולמרט, וכך גם יתר המינויים לתפקידי סמנכ"ל ברשות המיסים לא יקודמו.

על-פי החשד, העדיפה זקן, מנהלת לשכתו של שר האוצר, את האינטרסים שלה ושל אחיה, יורם קארשי, על פני האינטרס הציבורי. בכך עשתה במילוי תפקידה מעשים של הפרת אמונים.