יריית הפתיחה בקרב על השליטה המוניציפאלית באוניברסיטת בר-אילן נורתה לאחרונה (פברואר 2003), כשמועצת גבעת שמואל פנתה לבג"צ בדרישה לספח את אוניברסיטת בר-אילן לשיטחה.
את המועצה המקומית גבעת שמואל, מייצגים עורכי הדין יובל גלאון, אלי וילצ'יק ואריה חגי. הם מבקשים מבית המשפט העליון להורות לשר הפנים לבצע את הסיפוח.
לדברי העותרים, עד 1993 היתה אוניברסיטת בר-אילן מחולקת בין גבעת שמואל לרמת-גן. בשנה זו הוחלט להעביר את כל האוניברסיטה לתחום השיפוט של רמת-גן. עתה, למרות העובדה ששטח האוניברסיטה מופרד מהעיר רמת-גן על-ידי כביש גהה, היא ממשיכה להחזיק בשליטה על האוניברסיטה.
ראש מועצת גבעת שמואל, זמיר בן-ארי, אמר: "בעבר היה חלק מקמפוס בר-אילן בשטח השיפוט של גבעת שמואל, וכיום, לאחר שמולאו תנאים שנדרשו בעבר לסיפוח האוניברסיטה, ניתן לספחה ולהעבירה לגבעת שמואל. מתחם האוניברסיטה תקוע היום בגרונה של גבעת שמואל, ולא נותנים לה לבולעו ולא ניתן להקיאו. אין לי ספק שגם אוניברסיטת בר-אילן וגם גבעת שמואל ותושביה, ייהנו מהחזרתה של האוניברסיטה לתחום השיפוט המוניציפלי שהו גבול טבעי לגבעת שמואל.
מתחם האוניברסיטה נושק לבתיה של גבעת שמואל וגובל עימם, והוא מהווה מובלעת בצורת האות ר', אך חודר לתחומה של גבעת שמואל. במצב זה, מתקשה גבעת שמואל לתת שירותים עירוניים לשכונת רמת-אילן, בשל האוניברסיטה המפרידה בין השכונה לחלקה הוותיק של גבעת שמואל".
ועדת קיפניס המליצה בזמנו לאחד את גבעת שמואל עם קריית אונו וגני תקוה - לרשות מקומית אחת, אשר תצורף אליה אוניברסיטת בר-אילן.
גבעת שמואל עברה תמורות רבות בשנים האחרונות. כיום מתגוררים בה כ-20,000 תושבים. בניגוד למשבר בשוק הנדל"ן, יש ביישוב תנופת בנייה מרשימה. תלמידי גבעת שמואל מובילים את הדירוג הארצי בזכאות לבגרות, עם 86% זכאים.