בנוסף לכך, כללים רבים יושמו רק כדי לעמוד בתקני ייצוא של מוצרים מן החי, תוך אפליה לרעה של השוק המקומי ושל תושבי המדינה, שעליהם כללים אלה לא תמיד חלים.

נמצאו כשלים גם בפיקוח על משחטות ובתי-מטבחיים המשווקים תוצרתם לשוק המקומי, ובפיקוח על מפעלים המשווקים מזון מן החי או מעבדים מזון מן החי, ובכלל זה פיקוח על החדרת נוזלים וכימיקלים (בחלקם מסרטנים) למוצרים הנ"ל.

הדוח מציין כי נמצאו מחדלים בפיקוח על ייצוא בעלי חיים, שחיטת בעלי חיים שלא על-פי חוק ("שחיטה שחורה"), פיקוח על תכשירים, תרופות ותרכיבים לשימוש בבעלי-חיים ופעילות הנוגעת למניעת צער בעלי-חיים.

הדוח קובע כי חלה ירידה משמעותית ברמה המקצועית ובתפקוד המקצועי בשירותים הווטרינריים, ובעיקר במכון הווטרינרי, וכי לא נעשתה פעילות מספקת לדרבון הגורמים האחראים במשרד החקלאות לשם קידומה של חקיקה עדכנית בתחומי העשייה של השירותים הווטרינריים.

בנוסף לכשלים המקצועיים, מצוינים בדוח גם כשלים ארגוניים ניהוליים בשירות הווטרינרי, וביניהם אי-הסדרה של נורמות ארגוניות ומקצועיות, של דפוסי עבודה, של כללי התנהגות ושל דרכי פיקוח, בכל הנוגע לפעילותם של רופאי רשויות מקומיות ורופאי לשכות השירותים הווטרינריים בשדה, רופאים וטרינרים פרטיים ונותני שירותי מעבדה פרטיים.

בנוסף לכך, נמצאה אדישות לקיומה של תופעה רווחת ובלתי תקינה של חתימת בלנקו שלא כדין על-ידי רופאים וטרינריים על אישורים המאפשרים מסחר ו/או ייצוא ו/או ייבוא של מזון מן החי ושל בעלי-חיים, כל זאת ללא בדיקה של בעלי החיים או המזון מן החי נשוא אישורים אלו.

עוד עולה מהדוח, כי לא טופלו ליקויים שנחשפו בדוחות מבקר המדינה ובדוחות אחרים, וכי לא ניתנה תשומת לב מספקת להיבט חובות האמון המוטלות על עובדי ציבור בתחומי הניהול ובכלל זה בניהול כוח אדם ובניהול כספי, תוך התעלמות מסדרי מינהל תקין.