בכירי אוניברסיטת בן-גוריון בנגב החליטו על קיצוץ בשיעור של 5% בשכרם, בעקבות הודעת מנכ"ל הוועדה לתכנון ותקצוב (ות"ת) במועצה להשכלה גבוהה על קיצוץ כספי מיידי בתקציב האוניברסיטאות. כך הודיעה (יום ב', 20.7.09) נשיאת האוניברסיטה, פרופ' רבקה כרמי. "בימים קשים אלה, עלינו לשמש דוגמה אישית", הדגישה.

על-רקע זה ולנוכח המצוקה התקציבית הצפויה במוסדות ההשכלה הגבוהה מאישור תקציב המדינה לשנים 2010-2009, אשר קבע קיצוץ של כ-90 מיליון ש"ח בתקציב ההשכלה הגבוהה, נערכה האוניברסיטה להתמודדות עם המשבר התקציבי.

האוניברסיטה סיימה את שנת תשס"ח בגירעון של כ-10 מיליון ש"ח. המשך הקיצוץ בתקציבי הממשלה להשכלה הגבוהה ל-2009 ול-2010 והירידה בהיקף גיוס התרומות כתוצאה מהמשבר העולמי, מציבים את האוניברסיטה במצב קשה עוד יותר, לדבריה.

באוניברסיטה מציינים כי עיקר תקציבה מופנה לתשלומי שכר וכעת אין מנוס אלא להפחית בעלויות אלו על-מנת לאזן את התקציב.

"כאוניברסיטת מחקר מובילה, יש לנו בסיס איתן הנשען על אנשי סגל מצוינים. אני משוכנעת שבכוחות משותפים נוכל לעבור את התקופה הקשה הזו ולחזור במהירה לפסים של תנופת צמיחה ופיתוח", הוסיפה פרופ' כרמי.