בית המשפט העליון קיבל (יום ה', 6.8.09) את עתירת עמותת נוער כהלכה, נגד ביה"ס החרדי בית יעקב שבעיר החרדית עמנואל וקבע כי אם לא תופסק אפליית תלמידות ספרדיות בבית הספר ינקוט משרד החינוך בכל האמצעים החוקיים לתיקון המצב, לרבות שלילת רישיונו של בית הספר והפסקת תיקצובו. למעשה, אם לא יתוקן המצב ייאלץ בית הספר להיסגר.

פרשת האפליה על-רקע עדתי נחשפה לפני כשנתיים בערוץ 2. תלמידות שלמדו יחדיו במשך השנים האחרונות - חלקן למדו בצוותא חמש ושש שנים באותה כיתה - הופרדו לשתי קבוצות, כאשר בין שני חלקי בית הספר הוקם קיר גבס, ויריעות של בד יוטה נמתחו בחצר בית הספר למען לא תוכלנה הבנות הספרדיות להביט בבנות האשכנזיות שנמצאות מעברה השני של המחיצה. כמו-כן הופרד חדר המורים של המורות הספרדיות ושל המורות האשכנזיות.

עו"ד ישעיהו אברהם וד"ר אביעד הכהן עתרו בשם עמותת "נוער כהלכה", המטפלת במקרים של אפליה עדתית במערכת החינוך, כנגד משרד החינוך והעמותה החרדית המפעילה את ביה"ס בדרישה כי תבוטל האפליה החמורה והמבישה שבין התלמידות הספרדיות והאשכנזיות בבית הספר שעד ראשית השנה למדו באותן כיתות.
העתירה לבג"צ נעשתה לאחר שמשרד החינוך לא פעל לכפות את סמכותו על בית הספר הנמצא תחת פיקוח רשת החינוך העצמאי.

לדברי שופטי בית המשפט העליון יורם מלצר, אדמונד לוי ועדנה ארבל במקרה דנן, מתנגשת הזכות לחינוך מגזרי עם עקרון השוויון. לדבריהם, מדיניות של "הפרדה שוויונית" לא תוכל לחפות על אפליה פסולה במקום בו היא מתקיימת.

"בהתנהלות בית יעקב לא היה אלא לשרת תכלית פסולה, והיא סגירת דלתות המגמה החסידית בפני תלמידות בנות העדה הספרדית אך משום מוצאן. בית-הספר "בית-יעקב" ומרכז החינוך העצמאי פגעו, אפוא, בזכותן של התלמידות הספרדיות לשוויון, ובכך חרגו מהאיזון החוקתי שבין הזכויות הנוגעות בדבר. משרד החינוך חרג מסמכותו שעה שנמנע מלהפעיל את האמצעים העומדים לרשותו לצורך מניעת האפליה האמורה", קבעו.

"על מרכז החינוך העצמאי להסיר כל סממן, פורמאלי ומהותי כאחד, של תופעת האפליה אשר רווחה בבית הספר. ככל שימצא כי מרכז החינוך העצמאי אינו מקיים הוראה זו, על משרד החינוך לנקוט את כל האמצעים החוקיים לתיקון המצב, לרבות שלילת רישיונו של בית הספר ועצירת תיקצובו", לשון פסק הדין.

עו"ד ד"ר אביעד הכהן אמר בתגובה לפסיקת בג"צ כי ההחלטה החשובה תהווה ציון דרך במאבק הנמשך לביעור תופעות האפליה במערכת החינוך בכלל, ובחינוך החרדי בפרט.

"יש לקוות כי משרד החינוך יעשה את כל הדרוש להסיר את סממני האפליה לפני פתיחת שנת הלימודים הקרובה, ויפקח פיקוח צמוד על הנעשה במערכת החינוך. אסור שילד יופלה לרעה בשל מוצאו, עדתו, או רקעו הסוציו-אקונומי. עקרון השוויון בחינוך הוא ערך יהודי לא פחות מאשר ערך דמוקרטי, ואנו מברכים על כך שהשופט מלצר נתן לכך ביטוי בפסק דינו", ציין.