בית משפט בירושלים מחק (יום ג', 27.10.09) אישומים נגד שני מפגינים בעמונה, לאחר שהפרקליטות לא העבירה את כל מלוא חומר החקירה. מדובר באישומים שהוגשו בפברואר 2006. השופטת רבקה פרידמן-פלדמן קבעה כי "אינה רואה מקום לדחות את התיק פעם נוספת עד שתחליט הפרקליטות למלא אחר החלטות בית המשפט ולמסור את כל חומר החקירה כנדרש". היא הורתה למחוק את כתבי האישום.
הגנה מן הצדק מדובר בהליכים שנפתחו נגד מנחם בקוש ודוד שוורץ, בשל השתתפותם בהפגנות נגד פינוי עמונה. באי-כוחם של השניים מטעם הסניגוריה הציבורית, עו"ד אלי פוקסברומר שייצג את שוורץ, ועו"ד יצחק בם שייצג את בקוש, דרשו בתחילת ההליכים לזכות את הנאשמים מטעמי הגנה מן הצדק על-רקע מחדלי חקירה של המשטרה. השופט
עודד שחם הורה בספטמבר 2006 לפרקליטות למסור להגנה "כל חומר מצולם ומוקלט ברשות המשטרה, הצבא והשב"כ המתייחס לאירועי עמונה". כמו-כן, "הקלטות מרשת הקשר של מחוז ש"י ושל פיקוד מרכז", את יומני המבצעים של פיקוד מרכז ומחוז ש"י המתייחסים לפרשה.
הוא הורה למסור להגנה גם רשימה מדובר צה"ל של עיתונאים או צלמים שהיו בעמונה, וכן "פקודות מבצע ותדריכים ככל שתועדו של צה"ל ושל המשטרה המתייחסים לאירועי עמונה". המשטרה התבקשה למסור להגנה את תחקירי יחידת הפרשים והיס"מ ויסמ"ג שהשתתפו באירועי עמונה ואת נוהלי העבודה במשטרה של פרשים "בהתמודדות עם הפרות סדר ואירועי המון", נהלי השימוש במשטרה של אלות וכן תיקי מח"ש המתייחסים לאירועים הללו.
חומרי החקירה "לא אותרו" כשנה לאחר מכן, נפגשו הצדדים שוב בבית המשפט כאשר הפרקליטות הודיעה כי לא הצליחה לאתר כמה חומרי חקירה בהם "הקלטות של רשתות קשר, רשימת כתבים או צלמים בנכחו באירועים וחומרים בידי השב"כ". השופט עודד שחם הורה לפרקליטות למסור להגנה מזכרים של ה"גורמים הרלוונטים" בדבר "פעולות שנעשו לאיתור החומרים ותוצאות אותן פעולות".
אך גם בקשה זו לא מולאה ובדיון שהתקיים היום (ג') ביקש עו"ד פוקסברומר, מהשופטת למחוק את כתב האישום של שוורץ. לטענתו, "לא נעשה דבר כדי לבצע את החלטות בית המשפט. אנחנו כאן למעל מ-3 שנים אחרי שניתנה החלטה שיפוטית... שאינה מבוצעת ואינה מכובדת". על טענת הפרקליטות כי אין בידיה חומר נוסף שלא הועבר להגנה, הגיב פוקסברומר בטענה כי מדובר ב"טריק שאותו ביצעה התביעה כבר בפעם הקודמת... זו רוטינה שחוזרת על עצמה... הם טוענים שלעמונה לא היה פקודת מבצע, אני רוצה שמישהו משוטרי ישראל יחתום על זה".
אין מקום לדחייה נוספת למרות התנגדות הפרקליטות למחיקת האישומים, בטענה כי זהו "צעד קיצוני מידי בנסיבות המקרה", החליטה השופטת למחוק את תיקיהם של בקוש ושוורץ. בהחלטה כתבה כי מאז הגשת האישום בפברואר 2006, "מנהלים הצדדים הליכים הנוגעים למסירת חומר חקירה לידי הסניגוריה. בעניין זה הן לגבי תיק זה והן לגבי תיקים נוספים, התנהלו הליכים הנוגעים לגילוי חומר החקירה, ניתנו החלטות והדיון בתיק הנוכחי נדחה שוב ושוב כדי שהמדינה תבצע את ההחלטות".
היא הוסיפה כי חומר החקירה לא נמסר במלואו וכי היה צריך למסור אותו לפני תשובה לאישום ולא במהלך ההוכחות, כדרישת התביעה. "זוהי זכותה של הסניגוריה", כתבה. לפיכך אין מקום לדחות את התיק פעם נוספת "עד שתחליט המדינה למלא אחר החלטות בית משפט ולמסור את כל חומר החקירה".
לשאלה האם ניתן להסיק מהפרשה כי היה למשטרה ולפרקליטות מה להסתיר, עונה בא-כוחו של שוורץ, עו"ד פוקסברומר ל-News1 כי "לא ניתן לפרוך את המסקנה".