עוד הסביר כי סירב לדרישתם של ראש אכ"א, שר הביטחון וסגנו, כי יחתום על מכתב ראשי ישיבות ההסדר למרות שהסכים עם העיקרון המרכזי שבתוכו, משום שסגנונו נחרץ. הוא הוסיף שחתימה על המכתב המגנה את השלטים נגד פינוי שהונפו בידי חיילים לא הייתה מבטאת לגמרי בכנות את מה שהוא חושב, עמדות אותן הוא מביע בספרים ובטורים אותם הוא מפרסם, ולכן "לא יכולתי למעול בתפקידי המקודש".

הסיבה השנייה שבגינה לא הסכים לחתום על המכתב נובעת מכך שהוא סבור שאסור להתבטא בלחץ שלטוני, וכי חובה על רב לומר את האמת הפנימית שלו באופן המייצג את מורשתו המקודשת של עם ישראל. הוא פנה לעמיתיו, וכתב כי "דברים אלו אמורים גם לכלל ראשי ישיבות ההסדר שאינם צריכים להיות כפופים למפקדי הצבא אלא לומר את דברם בחירות. ומה היה קורה אילו היה רב שסבור בכנות שחובה להפגין בטקסים, האם היה צריך לשתוק?! להעלים את דעתו?! הלא חובה עליו להביע את דעתו".

הרב מלמד גילה כי בשלב כלשהו הציע הרב חיים דרוקמן לתווך ולומר דברים בשמו של הרב מלמד כדי לסיים את הפרשה. לדבריו, הסכים לכך, אך הסתייג מחשש שאם יפורסמו בשמו דברים שאינו מסכים להם יצטרך לפרסם את דעתו ואולי כבודו של הרב דרוקמן יתבזה מכך. הרב דרוקמן ניסה לשדל את ראשי מערכת הביטחון לסגת מדרישתם, אולם כאמור דעתם להפסיק את ההסדר נקבעה מראש.

גם לתומכי המהלך בו נקט, היוצאים להגנתו של הרב מלמד בטיעון, שהוצאת הישיבה מן ההסדר רק תגביר את כוחה, השיב: "על תמיכה כזו כמובן הייתי מוותר".

לדבריו, רוב ראשי ישיבות ההסדר תומכים בעמדות הסבירות, כלשונו, אותן הביע ביחס להתנגדות להפגנות מצד חיילים לצד ההכרה בתועלת שלאחר מעשה הצומחת מהן למרות הבעייתיות שבדבר. הרב מלמד מאשים כמה מראשי ישיבות ההסדר, חלקם אף התבטאו נגדו באנונימיות, על כך שהוקיעו את דבריו באופן שאינו משרת את המחלוקת העניינית. "הייתי מצפה שגם מי שאינו מסכים עם דעתי, יאמר שהוא מתייחס בכבוד לדברי, ויש לי זכות וחובה לאומרם", אמר.