עיתון ידיעות אחרונות וכתבו המדיני, שמעון שיפר, חוייבו להתנצל בפני פנחס פישלר, בגין דברי כזב שפרסמו נגדו ביולי 1996 עת שימש מנהל לשכת ראש הממשלה. בדצמבר 2000 זכה פישלר בהליך משפטי דומה נגד העיתונאי אמנון אברמוביץ [ראו קישור]. גם בקול ישראל (רשת ב') נאלצו להתנצל.
חיובם עתה של ידיעות אחרונות ושיפר להתנצל, נעשה במסגרת הסדר שהגיעו הצדדים, לפיו הם יפרסמו בעיתון ידיעות אחרונות, בעמודי החדשות, התנצלות בנוסח שנקבע, ובתמורה תבטל השופט נורית רביב את כתב הקובלנה/כתב אישום נגד הנאשמים בקובלנה, ובהם שמעון שיפר, שכתב את הכתבה המשמיצה, והעורך האחראי, ארנון מוזס.
נוסח ההתנצלות הושג בין הצדדים, זאת לאחר 7 שנים של מאבק מצד פישלר. הנאשמים בקובלנה היו שמעון שיפר, ארנון מוזס ואלון שלו (העורך דאז). הנאשמים בקובלנה פלילית זו ביקשו מהיועץ המשפטי לממשלה, אליקים רובינשטיין, לעכב נגדם את ההליך הפלילי. ואולם, היועץ המשפטי לממשלה, בצעד נדיר, באמצעות עו"ד ד"ר חיה זננדברג, בכירה בפרקליטות המדינה, הציע - כתנאי לעיכוב ההליכים, כי העיתון יפרסם התנצלות, ואז יסכים לעיכוב ההליך.
הואיל והעיתון לא פרסם התנצלותו, המשיך המשפט להתנהל תקופה ארוכה. פישלר הסכים לפרסום התנצלות פעם אחת בלבד, ובתנאי שתהיה ביום שישי בעמודי החדשות. פישלר, אשר יצא ללמוד משפטים, בעקבות מאבקו חסר הפשרות, סיים את לימודיו בהצטיינות, ועומד כיום לפני סיום התמחותו, ניהל בעצמו את המשפט ללא ייצוג עו"ד. את הנאשמים ייצגה עו"ד טלי ליבליך. במסגרת ההסדר, התחייב פישלר לא לעשות שימוש בהתנצלות כראיה לצורכי הליך אזרחי, אותו הוא מנהל נגד ידיעות אחרונות ואחרים.
כתב ההתנצלות גורף ומוחלט. עולה ממנו, כי הנאשמים התרשלו ופרסמו כזבים, ולמרות זאת לא תיקנו את העוול במשך שבע שנים. פישלר איבד אז משרתו הבכירה כמנהל לשכת רוה"מ, בין היתר עקב פרסומי לשון הרע בידיעות אחרונות. עתה הצליח לכפות על ידיעות אחרונות פרסום התנצלות.
להלן נוסח ההתנצלות כפי שהוסכם (ציטוט):
התנצלות
ביום 8.7.96 פורסמה בעיתוננו ידיעה מאת כתבנו המדיני, מר שמעון שיפר, הנוגעת למר פנחס פישלר, אשר שימש באותה עת כמנהל לשכת ראש הממשלה, תחת הכותרת: מנהל לשכת ראש הממשלה יתבקש לפרוש בקרוב.
בידיעה נכתב בין היתר, כי "לאחר פרסום דבר מינויו של מר פנחס פישלר לתפקיד מנהל לשכתו של ראש הממשלה בנימין נתניהו, התפרסמו ידיעות שונות, כי כנגד מר פנחס פישלר מנוהלים במשטרה רישומים פליליים, כי הוא סורב למתן רשיון לשמש כחוקר פרטי, וכי מידע רב הצטבר על עברו של פישלר, מידע שלא היה ידוע לראש הממשלה, כאשר הומלץ למנותו לתפקידו".
המערכת מבהירה בזאת, כי ביום 23.12.98 פסק בג"צ, בעקבות עתירה שהגיש מר פישלר, כי כנגד מר פנחס פישלר אין ולא היה כל רישום פלילי במשטרה.
כמו כן התברר לנו כי מר פישלר לא ביקש מעולם לשמש במקצוע חוקר פרטי, לא פנה אל המשטרה לקבל רשיון שכזה, ומימלא לא סורבה כל בקשה כזו שלו.
עוד התברר לנו, כי בלשכת ראש הממשלה לא הצטבר כל מידע שלילי אודות מר פישלר.
המערכת ומר שמעון שיפר מצטערים על המידע המוטעה שפורט לעיל ופורסם בידיעה, ועל הפגיעה בשמו הטוב של מר פנחס פישלר, ועוגמת הנפש שנגרמה לו".
במעמד הגשת נוסח ההתנצלות לבית המשפט (15.4.03), הודיע הקובל על חזרתו מכתב הקובלנה בכפוף לפרסום התנצלות כמוסכם בין הצדדים (תוך 21 ימים, בגליון יום שישי בעמודי החדשות). השופטת נורית רביב נתנה לכך תוקף של החלטה.