מנכ"ל משרד החינוך, ד"ר שמשון שושני, אומר כי החוזר שהוציא מנכ"ל משרד הפנים, גבריאל מימון, נכתב ופורסם ללא כל תיאום או הידברות עם משרד החינוך, ושלא על דעת שר החינוך גדעון סער או דעתו.

בחוזר המנכ"ל ניתנו פרשנות והנחיות בצידה בדבר המרכיבים להשתתפות רשות מקומית בתקציב של מוסד חינוך מוכר. נאמר שם כי הוצאות להסעות או לשכירות מבנים של בתי הספר של החינוך המוכר שאינו רשמי אינן נכללות בגדר הנושאים שיש לגביהם חובת תקצוב על הרשויות.

"אנו רואים בחומרה את הוצאת החוזר, ואת הניסיון לקבוע פרשנות ביחס לסעיפים בחוק חינוך ממלכתי, שעל ביצועו מופקד שר החינוך", כתב שושני במכתב למנכ"ל השלטון המקומי רון מוסקוביץ' שעסק ביישום "חוק נהרי".

במשרד החינוך הבהירו כי עמדתם היא שיש לפרש את החוק בעניין זה באופן מצמצם. שושני: "עמדה זו בוטאה באופן ברור על-ידי שר החינוך במספר הזדמנויות, לרבות בדיון ועדת החינוך, התרבות והספורט, ביום 27 ביולי 2009, בה נדון תיקון אחר לסעיף 11א לקראת קריאות שנייה ושלישית. אז הודיע שר החינוך בעניין זה: 'פרשנותי זהה לפרשנות של הרשויות המקומיות, לפיה הפרשנות הראויה היא הפרשנות המצמצמת'".

במשרד מדגישים כי על-פי החוק, הבחירה בדבר אופן תקצוב מוסד החינוך, בכסף או בשווה כסף, נתונה לשיקול דעת הרשות המקומית.