ישראל החלה לגרש את העצורים שנתפסו במהלך ההשתלטות על הספינה מאבי מרמרה ביום שני לפנות בוקר. ההחלטה קיבלה את אישורו של היועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין. ראש מערך ההסברה הלאומי, ניר חפץ, הודיע אמש (ג', 1.6.10) כי ישראל תפעל לגרש את כל העצורים בכפוף להליכים הקבועים בחוק. לדבריו, ההחלטה התקבלה לאחר התייעצויות שהתקיימו בעקבות דיוני הקבינט המדיני-ביטחוני.

במהלך הדיון, שהתקיים לנוכח הלחץ המדיני והדיפלומטי הרב שבו נתונה ישראל מאז פעולת ההשתלטות על המשט הבינלאומי לרצועת עזה, התייעץ ראש הממשלה, בנימין נתניהו, עם שר הביטחון אהוד ברק, עם שר המשפטים יעקב נאמן ועם שר הפנים אלי ישי וסיכם עמם על גירוש מיידי של העצורים - כ-620 במספר. הגירוש החל כבר בשעות הלילה המאוחרות ועל-פי ההערכה ניתן יהיה לסיים אותו בתוך כ-48 שעות.

במהלך הדיון התגלתה מחלוקת בין השרים. השרים אהוד ברק, אביגדור ליברמן ואלי ישי תמכו בהחזרה מלאה של כל נוסעי הספינות, כדי להפחית את הנזק המדיני. מנגד, טענו השרים בני בגין, יעקב נאמן ויצחק אהרונוביץ' שאסור לאפשר לעצורים שניסו לעשות לינץ' בחיילי הקומנדו הישראלים ואשר קיימות עדויות על מעשיהם לצאת מישראל מבלי שמוצו הליכי החוק נגדם.

השר לביטחון פנים אהרונוביץ' רצה להשאיר 15% מן העצורים אך בסופו של דבר הוסכם כי רק העצורים שצולמו מכים את החיילים, דוקרים אותם או יורים בהם יישארו במעצר.
בתוך כך שוחח הלילה נשיא ארצות הברית, ברק אובמה, עם ראש ממשלת טורקיה רג'פ טאיפ ארדואן. אובמה הביע תנחומים על ההרוגים במהלך ההשתלטות ואמר שהוא תומך בחקירה אמינה, שקופה וחסרת פניות של העובדות ב"טרגדיה הזאת", כלשונו.
"הנשיא חזר על החשיבות של מציאת דרך טובה יותר לספק עזרה הומניטרית לתושבי עזה מבלי לפגוע בביטחון ישראל", לשון הודעת הבית הלבן.