בית המשפט העליון בשיבתו כבית הדין הגבוה לצדק דחה הבוקר (יום ד', 4.6.03) את העתירה נגד מינויו של הרב הראשי לישראל, הרב יונה מצגר. בעתירה שהוגשה על-ידי רו"ח יעקב ורקר, נטען כי למצגר אין כשירות כדיין ולא קיבל הסכמה ממועצת הרבנות הראשית ולכן אינו יכול לשמש בתפקידו כרב ראשי. כמו כן, טען ורקר כי נגד הרב מצגר הועלו תלונות בנוגע להטרדה מינית אשר פוסלו אותו מלכהן בתפקיד זה.
שלושת שופטי בג"צ , השופט אליהו מצא, השופט יעקב טירקל והשופט וסלים ג'ובראן הסתמכו בהחלטתם על קביעת היועץ המשפטי לממשלה, אליקים רובינשטיין, לפיה מעולם לא נפתחה נגד הרב מצגר חקירה פלילית וכי אין מקום להורות על פתיחת חקירה כזו. כמו כן, קבעו השופטים, כי כהונה כשרות לדיינות אינה מהווה תנאי שבלעדיו לא יכול המועמד להיבחר כרב ראשי.
בפסק הדין קבעו השופטים: "דעתנו היא, כי לרוב טענותיו העובדתיות לא הניח העותר תשתית ראייתית מספקת ואילו ביתר הטענות, אף אילו התבררו הללו כנכונות, אין כדי להצדיק את התערבותנו במינויו של הרב הראשי שנבחר".
בתגובה לפסק הדין, מסר יועץ התקשורת של הרב מצגר, רוני רימון את הדברים הבאים: צדקתו של הרב הראשי לישראל, יונה מצגר יצאה לאור והשקרים המופצים נגדו הופרכו באופן חד-משמעי. פסק הדין של בג"צ מוכיח כי מדובר היה במעשה רדיפה אחר הרב הראשי מצגר ללא שמץ של אמת בידי משמיץ מקצועי, שלא השלים עם הליך בחירתו הדמוקרטי של הרב. נעשתה כאן שפיכות דמים תוך שימוש בזוי בנשק הבג"צ ככלי ניגוח פוליטי נגד הרב הראשי יונה מצגר.
הרב קורא ללמוד לקח ממקרה זה לעתיד כדי למנוע שפיכות דמים בפומבי של אישום הנרדפים על-ידי קנאה פוליטית או שנאה אישית, תוך הפרכת האשמות שקריות. הרב הראשי יונה מצגר משנס מעתה מתניים ביתר עוז לאחד את העם בכל דרך שהיא.
