בית המשפט העליון אישר (יום ג', 14.9.10) את ההחלטה של משרד החינוך להיעתר לבקשת הורי המגמה החסידית בעמנואל, לפתוח מוסד חינוכי ביישוב, שלא יתוקצב על-ידי רשויות המדינה.
בית המשפט קבע כי יימשכו הלימודים בבית הספר הקיים כבר ביישוב ואשר בשל ההפרדה שנעשתה בו בין תלמידות ספרדיות לאשכנזיות נשלחו הורים לכלא וכי לא תותר כל אפליה גם בבית הספר החדש.
בכך באה, מבחינת בית המשפט העליון, לסיומה פרשת אפליית התלמידות בעמנואל.
"סוף דבר: הדיון בעתירה אודות גורלו והתנהלותו של בית הספר "בית יעקב" בעמנואל - הסתיים לעת הזו, וכך אף הדיון בבקשות שהונחו בפנינו מכוח פקודת הבזיון. בשים לב לעובדה ששאלות הנוגעות למוסד הפטור ולאישור פעילותו אינן מצויות להלכה בגדרי העתירה הנוכחית - אין מקום לדיון מפורט יותר, או למתן הוראות אופרטיביות נוספות בעניינים אלה, ושאלות אלו ייוותרו, בכפוף להערותינו הראשוניות הנ"ל, לעת מצוא", כתבו השופטים
אדמונד לוי,
עדנה ארבל ו
חנן מלצר.
עוד ציינו כי במידה שיחליט משרד החינוך לתקצב את המוסד החדש, ייתכן ותעלה מחדש שאלת הפרדת הבנות המנומקת על-ידי ההורים ככזו שנעשית מטעמים חינוכיים-דתיים.
"כל עוד נוקטים ההורים ומשרד החינוך מדיניות של "לא מדובשו ולא מעוקצו" - אין שאלת תקצובו של המוסד הפטור מכספי המדינה עומדת על הפרק. אולם לא מן הנמנע שאם יחליט משרד החינוך לתקצב את המוסד הפטור בהמשך, תוכל שאלה זו לשוב ולהיות מועלית במלוא עוזה, באכסניה המתאימה", ציינו השופטים.
עוד הוסיפו כי מכיוון שהוחלט שהמדינה לא תתקצב את המוסד החינוכי החדש - אסור גם למועצה בעמנואל להעניק למוסד תקציבים. לדבריהם - העברת כספים שכזו תגבול בפלילים ואף תוביל לחיובים אישיים של האחראים לכך במועצה.
"במגבלות מסוימות, שאין אנו נדרשים כאן, כמובן, לשאלה אם נתקיימו פה -רשאית המועצה המקומית להעמיד למוסד הפטור קרקע ומבנה לשימושו, אולם ודאי שאין המועצה המקומית רשאית להעביר כספים, או שווי כסף, מתקציבה למוסד הפטור, בניסיון לעקוף את ההסכמה בדבר היעדר תקצוב, עליה הצהיר משרד החינוך. העברת מקורות כאלה שלא כדין עלולה לגבול בפלילים ואף להביא לחיוב אישי של מי שיהיו אחראים לכך", ציינו.
בסיפא של החלטתם הוסיפו השופטים כי ברוח הימים הנוראים שבהם אנו נמצאים היום ראוי שהצדדים יתפייסו.
"חבל עם זאת שהתקווה שהובעה על-ידי הצדדים ורבניהם כי סוכת שלום תיפרש על עמנואל ותושביה ברוח של: יחד שבטי ישראל - טרם התממשה. אולם עדיין לא מאוחר מדי. לפיכך, בהיותנו בעיצומם של הימים הנוראים, אנו קוראים שוב לכל המעורבים: אמרו ועשו - ראוי איפוא כי הפוגעים יבקשו סליחה ומחילה מאלה שנפגעו על ידם, וכולם יקבלו על עצמם את הציווי: ואהבת לרעך כמוך", לשון החלטת בית המשפט.
נתניהו היה חייב להתפטר דקה אחת לפני הרצי הלוי ורונן בר 
