מה קורה בחברת נמל אילת? תחלופה מרובה של המנכ"לים לאורך זמן ממושך הביאה לכך שהניהול השוטף של החברה הופקד בידי אנשים שמעמדם היה זמני, על כל המשתמע מכך. בנסיבות שבהן נוהלה החברה נוצר מצב שבו נפגם קיומם של מנגנוני איזונים ובלמים, ונפגעה היכולת לערוך פיקוח ובקרה נאותים בחברה. כך קובע (יום ג', 17.5.11)
מבקר המדינה.
על-פי הבדיקה, מאז פברואר 2005 ועד סיום הביקורת כחמש שנים וחצי לאחר מכן, כיהנו בחברה חמישה מנכ"לים, ארבעה מהם כמינוי זמני בפועל . רק כשנה וחצי הופקד ניהול החברה בידי מנכ"ל שמונה על-ידי הדירקטוריון ושקיבל את אישור רשות החברות הממשלתיות והוועדה לבדיקת מינויים.
המבקר מצא עוד: למרות שמאמצע שנת 2007 חלה ירידה ניכרת בפעילות הנמל, ומאז עובדי התפעול עוסקים כשמונה ימי עבודה בלבד בחודש בפריקת מכוניות ובפריקת מעט מאודמכולות, לקראת פתיחת קו חדש של מכולות השלימה החברה באפריל 2009 קליטת 15 עובדים. רק חודש לאחר מכן הופסקה פעילות הקו, ו-14 העובדים החדשים שנקלטו בנמל (לא כולל פורש אחד) שובצו במחלקת תפעול בהיקף של 100% משרה. זאת, למרות שהדירקטוריון החליט בנובמבר 2008, בעת שהחל תהליך קליטתם, להעסיקם במשרה חלקית בלבד בהיקף של עד 65% משרה. בפועל, נקלטו עובדים למרות שאין תעסוקה מלאה בנמל, ובייחוד במחלקת התפעול. בנוסף, עולה מממצאי המבקר הפנימי כי תהליך מיון המועמדים לא היה תקין.
ומי מקבל את המשמרות? מנתוני החברה לגבי המשמרות הנוספות שמבצעים עובדי החברה עולה כי יש עובדים בכל מחלקה שביצעו עשרות משמרות נוספות בשנה יותר מאשר עובדים אחרים. את רוב המשמרות הנוספות מבצעים עובדים ותיקים ששכרם גבוה. עובדה זו משפיעה כמובן על הוצאות החברה. המבקר לא קיבל הסברים מספקים על הסיבות להבדלים בין העובדים בביצוע המשמרות הנוספות.
עוד התגלה כי בנובמבר 2009 סוכם בין נציגי ההנהלה לעובדים על הגדלת תקרת ההלוואות לחברים בקופה לחיסכון ולעזרה הדדית של עובדי רשות הנמלים. ההגדלה - בסכום ניכר תוך הארכת תקופת החזרה לעד שמונה שנים. הסיכום לא קיבל את אישור הדירקטוריון.
שנה קודם לכן, בדצמבר 2008, עברו משרדי הדירקטוריון לבאר שבע, אולם רק כעבור שנה הותקן במשרדים שעון נוכחות. בתקופה שלא הותקן שעון ובתקופה שבה היה שעון לא תקין, דיווחו העובדים על נוכחותם ידנית. שעון הנוכחות פעל במשך חודשים בודדים, ומזה כשנה אינו פועל. מצב זה אינו מאפשר בקרה נאותה על שעות נוכחות העובדים.
המבקר מסכם וקובע כי על דירקטוריון החברה ועל הרשות לנמלים לדאוג שימונה מנכ"ל קבוע שתפקידו לא יהיה נתון כל העת בחוסר ודאות. כמו-כן, נקבע כי על הרשות ועל דירקטוריון החברה לנקוט את כל הצעדים המתחייבים כדי לוודא שהחברה תתנהל בצורה תקינה, יעילה ושהליקויים שעליהם הצביעה הביקורת, בתחומי ניהול החברה והיבטים של כוח אדם, יתוקנו ללא דיחוי.
נתניהו היה חייב להתפטר דקה אחת לפני הרצי הלוי ורונן בר 
