בג"ץ אישר (א', 21.8.11) את מדיניותו החדשה של הפרקליט הצבאי הראשי, אלוף
אביחי מנדלבליט, בנוגע לחקירות בדבר מותם של אזרחים פלשתינים מפעילות צה"ל. הפצ"ר קבע, כי בכל מקרה שכזה ביהודה ושומרון תיפתח חקירה של המשטרה הצבאית החוקרת (מצ"ח).
עם זאת, במקרים שבהם יהיה ברור, כי הפעילות במהלכה נהרג האזרח הייתה בעלת אופי לחימתי של ממש, ההחלטה האם לפתוח בחקירת מצ"ח תתקבל לאחר שייערך בירור ראשוני של עובדות המקרה באמצעות תחקיר מבצעי. עוד נקבע, כי לא ייפתחו חקירות במקרים כאלו ברצועת עזה, בשל העובדה שהשלטון ברצועה מצוי בידי החמאס המנהל מדיניות של לוחמה כנגד ישראל.
הנשיאה
דורית ביניש דחתה בעקבות זאת את עתירת בצלם והאגודה לזכויות האזרח, שהוגשה עוד בשנת 2003 וביקשה לשנות את נוהלי חקירת מותם של פלשתינים מאש צה"ל. העותרות ביקשו להמשיך את הדיון בעתירתן למרות הודעה זו של הפצ"ר, אך בג"ץ קבע שהעתירה התייתרה, שכן "כל טענותיהן של העותרות לעת הזו מאופיינות בכך שהן כלליות ותיאורטיות ובכגון אלה אין בית המשפט דן".
לדברי ביניש, השינוי במדיניות הפצ"ר - אשר תואם עם היועץ המשפטי לממשלה,
יהודה וינשטיין - עולה בקנה אחד עם החשיבות שיש לייחס לחיי אדם, כולל חיי האויב, גם בזמן לוחמה. לדברי ביניש, "חקירה פלילית פועלת לשמירת הרכיב הצופה פני עתיד של החובה להגן על החיים, בכך שהיא מרתיעה פוגעים עתידיים, מונעת זילות היחס לזכות לחיים ותורמת לאווירה של קיום שלטון החוק. יודגש: החובה אינה לחקור כל מקרה מוות, אלא לחקור כל מקרה מוות שיש חשש שיסודו בהתנהגות אסורה - כאשר מתעורר חשש להפרה של הדין ולעבירה פלילית. חובה זו חלה הן בעת לחימה והן בעת רגיעה - כאשר ישנו חשד להתנהגות אסורה, יש לפתוח בחקירה לצורך בירור חשד זה".
לגבי רצועת עזה אומרת ביניש, כי "בנסיבות שנוצרו, החובות העיקריות המוטלות על מדינת ישראל ביחס לתושבי רצועת עזה נובעות ממצב הלחימה השורר בינה לבין ארגון החמאס השולט ברצועת עזה. כמובן, גם במצב דברים זה חלים דיני הלחימה והמשפט הבינלאומי ההומניטרי על פעילות כוחות הביטחון בשטח, ובמסגרת פעילותם על הכוחות להימנע ככל הניתן בתנאי הפעילות מלפגוע באזרחים שאינם מעורבים בלחימה. עם זאת, ביחס לאזור זה, בהיעדר שליטה בחבל עזה ונוכח העימות המזוין, אין לקבוע כי כל מקרה מוות של אזרח בלתי מעורב בלחימה מעלה - על פניו - חשש להתנהגות פלילית המצדיקה פתיחה בחקירה".
ביניש מסכמת: "אכן, משימה קשה היא ההגנה על אזרחי האויב, כאשר האויב עצמו מסתתר בקרבם, מעמיד אותם בקו האש ומסכן את שלומם. ארגוני הטרור אינם מצייתים לדין הבינלאומי ואינם עומדים בדרישותיו הבסיסיות ביותר, ובין היתר הם מטשטשים בכוונת מכוון את ההבחנה בין לוחמים לאזרחים. עם זאת, הקושי שיוצרות הנסיבות ושיוצרים גורמי הטרור אינו מפחית מחובתו של צה"ל להבחין ביניהם לבין אזרחים פלשתינים שאינם מעורבים בלחימה, ולפעול כך שככל הנדרש והאפשרי יפגע רק בראשונים, ויגן על האחרונים מפגיעה שאינה הכרחית".