תוואי A1 של הרכבת לירושלים, יוסט מעט צפונה - במגמה להקל על ההפרעה האקולוגית שעלול היה הקו לגרום לתושבי מבשרת ציון, לו היה ניסלל במתכונתו הנוכחית.
תוואי A1 הינו "קו האקספרס" תל אביב-ירושלים, אשר על סלילתו טרם הוחלט סופית. בשלב זה מתמקדת כזכור הרכבת בשידרוג התוואי האוטומני מבית שמש לאורך פיתולי נחל שורק. בבית שמש כבר הוקמה תחנה מודרנית ומפוארת, אשר בשלב זה טרם מקושרת במסילת הברזל הישנה לבירה (שפורקה במהלך עבודות השידרוג).
תוואי A1 הינו המשך לקו - נתב"ג-מודיעין-ירושלים. להבדיל מהקו המושבת שהגיע בעבר לתחנה הטמפלרית שבמושבה הגרמנית, מתוכנן A1 להגיע לבנייני האומה, שם מתוכננת תחנה חדשה בעומק 80 מטרים מתחת לפני הקרקע.
באזור הקסטל אמור הקו היוקרתי לחלוף בסמוך לבתיה הצפוניים של השכונת היוקרתית - מבשרת ציון, אשר תושביה הפעילו את כל קשריהם בצמרת המימשל, במגמה להעביר את הקו המתוכנן - מספר קילומטרים הרחק מבתיהם.
אלא שלא ברור עדיין להיכן בדיוק תוסט המסילה, שכן הבעייה האקולוגית מתנגשת באילוציים מדיניים: בתיה הצפונייים של שכונת מבשרת ציון משיקים לאזור B, והעתקת המסילה ולו מעט צפונה, עלולה להכניס את קו הרכבת החדש אל מעבר לקו הירוק.
קיבוץ מעלה החמישה השכן משיק להר - אדר, הוא "מוצב הראדאר" הירדני של 67', ומשם קצרה הדרך לכפר הפלשתינאי בידו, בו פעלה יחידה 101 של אריק שרון בפעולות התגמול מעבר לגבולות שנות ה- 50'.
מדינת ישראל תכננה הקמת תחנת רכבת מפוארת לנוחותם של תושבי מבשרת ציון, אך עתה ניכר כי התחנה תשרת בעיקר את תושבי הכפר הערבי בית איכסא שמצפון. תושבי הפרבר הירושלמי מצויידים במכוניות פרטיות, ומעדיפים, כמשתמע מהלובי שהקימו כנגד הרכבת, להדרים לעבר מיחלף הראל וממנו - על הכביש מספר 1 לירושלים או לתל אביב.
הרעיון מאחורי הקמת רכבת הינו "מערך הסעה המוני", וזה יקבל ללא ספק משנה תוקף באם יסלל למען האוכלוסיה הערבית המתרבה באזור במהירות.
על רקע מודיעה רכבת ישראל רשמית: "בעקבות פנייה של מנכ"ל משרד התחבורה, בן ציון סלמן, יו"ר דירקטוריון חברת הרכבת, משה ליאון, קיבל את המלצת המנכ"ל, יוסי שניר (הנאבק בהחלטתם לפטרו, ע.ב.), ליישום החלופה הצפונית בתוואי המסילה לירושלים A1 באיזור מבשרת.
התנאי ליישום החלופה - אישור התוכניות עד חודש נובמבר 2003. פיתרון זה, אשר בעקבותיו עירית ירושלים ותושבי מבשרת ציון יסירו את ההתנגדויות לתוואי A1 יאפשר את העמידה בלוחות הזמנים לביצוע וסיומו של הקו לירושלים בתוואי A1".
מנכ"ל הרכבת, יוסי שניר מסר, כי "עם הקמת הקו המהיר על-פי התוואי A1 תושבי מדינת ישראל יוכלו לנסוע ברכבת מתל אביב לירושלים ב-30 דקות והנסיעה מירושלים לטרמינל החדש בנתב"ג תערך רק 20 דקות. שניר הוסיף, כי חלקו הראשון של הקו המהיר, מתל אביב לנתב"ג, יושלם עד חודש ספטמבר השנה, חלקו השני של הקו עד מודיעין יפתח לשרות בנובמבר 2005".