איכות אוויר טובה מאוד נרשמה ביום הכיפורים בכל תחנות הניטור של המשרד להגנת הסביבה. עם כניסת היום ירדו באופן דרסטי ריכוזי תחמוצות החנקן המהוות סמן לזיהום אוויר מכלי רכב בתחנות התחבורתיות בגוש-דן ובירושלים.
ריכוזי תחמוצות החנקן ביום הכיפורים בגוש-דן עמדו על ערכים 6-1 חלקים לביליון, לעומת בוקרו של ערב החג, בו הגיעו הריכוזים עד ל- 94 חל"ב (חלקים לבליון). במרכז ירושלים נרשמו ריכוזים נמוכים במהלך ערב יום כיפור ובחג עצמו. בחיפה תחתית ירדו ריכוזי תחמוצות החנקן מ- 174 חל"ב ב-19:30 בערב יום הכיפורים ל- 4.8 חל"ב ביום הכיפורים.
התופעה של יום הכיפורים הינה תופעה ייחודית לישראל ומודגשת בעיקר בערים הגדולות, אזורים המושפעים מזיהום אוויר מכלי רכב. השיפור הרב באיכות האוויר ביום הכיפורים מדגים יפה את ההשפעה של התחבורה כמקור העיקרי לזיהום האוויר בערים הגדולות.
הירידה הדרסטית חלה רק בתחמוצות חנקן ולא בחלקיקים הנשימים העדינים, מאחר שלחלקיקים יש זמן שהות ארוך באטמוספירה (כ- 10 ימים) עד לסילוקם ממנו.