הרב מוטי אלון מואשם בביצוע עבירות מין בשניים מתלמידיו שהיו בני-עשרה. כתב האישום נגד אלון הוגש (יום ד', 2.11.11) לבית משפט השלום בירושלים.

אלון הוא מהבולטים שברבני הציונות הדתית ואת העבירות המיוחסות לו ביצע, לטענת המדינה, כאשר עמד בראש ישיבת הכותל בירושלים. מעשיו של אלון נחשפו בידי פורום "תקנה" הדתי-לאומי, לאחר שלטענת הפורום אלון לא עמד בתנאי שנקבע עימו ולפיו יפסיק את פעילותו החינוכית ולא יקבל בני נוער לשיחות ביחידות. הפורום טיפל בתלונות לפני שנים אחדות, לאחר שקורבנותיו של אלון סירבו לפנות למשטרה.

כתב האישום עוסק בתלמיד של אלון שהיה בן 17, ואשר בו לטענת המדינה ביצע אלון פעמיים מעשים מגונים בכוח בשנת 2005. האישום השני עוסק בתלמיד נוסף, שהיה גם הוא בן 17, ואשר לטענת המדינה אלון ביצע בו בשלוש הזדמנויות בשנת 2003 מעשה מגונה תוך ניצול יחסי החינוך שהיו ביניהם.

בחודשים האחרונים התקיים מו"מ בין נציגיו של אלון לבין נציגי הפרקליטות על עסקת טיעון. המדינה הציעה לאלון להודות בשני האישומים תוך שלא תבקש להטיל עליו עונש מאסר, אך הוא סירב. אלון לא התייחס עד היום בפומבי להאשמות נגדו, ומקורביו אמרו שמדובר בניפוח של יחסו האבהי והתמים לתלמידיו.

באחרונה שכר את שירותיו של עו"ד ציון אמיר, אשר היה פרקליטו של נשיא המדינה לשעבר, משה קצב, במשפט האונס. אמיר הכחיש את הדיווחים על אודות התפטרות פרקליטו הקודם של אלון וציין כי שניהם מייצגים אותו.

אלון הוא בנו של מי שהיה המשנה לנשיא בית המשפט העליון, מנחם אלון; אחיו של נשיא בית המשפט המחוזי בבאר שבע, יוסף אלון; ואחיו של הח"כ לשעבר בני אלון.