הוועדה המחוזית לתכנון ובניה בתל אביב החליטה (יום ג', 29.11.11) להכין תוכנית מפורטת לשימור כל שטחו של בית הספר החקלאי מקוה ישראל, שהיה אבן יסוד בהליכים להקמת המדינה. ההחלטה התקבלה, במקרה או שלא במקרה, ביום השנה ה-64 להחלטת האו"ם, מכ"ט בנובמבר, להקים מדינה יהודית.

הוועדה קבעה כי המתחם המשומר יהיה מרחב יחודי בקנה מידה עולמי. בעתיד, תבקש המדינה מאונסק"ו להכריז על מקוה ישראל כאתר מורשת עולמי. קרן רש"י, בניהולו של אלי אלאלוף, תשתתף במימון תוכנית השימור, וכנראה גם בשימור עצמו. השימור עצמו מחויב על-פי חוק מקוה ישראל.

כל המבנים, הנטיעות והדרכים של מקוה ישראל חולקו על-ידי הוועדה המחוזית לשלוש קבוצות שימור. נקבע, כי המבנים והנטיעות הבאים יהיו בדרגת שימור מחמירה: מבני הגרעין ההיסטורי, ובהם המבנים ההיסטוריים של בית הספר, היקב, מגדלי מים, בנייני מגורים היסטוריים של עובדים, הגן הבוטני, שדרת האיקליפטוסים, ביתן השמירה בפתח שער ירושלים (על כביש ת"א-בית דגן), קברו של המיסד קרל נטר, דרכים ושבילים.

בדרגת שימור שנייה נמצאים בית המנהל, בית הספר "עתיד" ומבני עובדים פחות ותיקים.

דרגת השימור השלישית כוללת בניינים חדשים יחסית, ובהם הרפת, פנימייה ובריכת שחייה. כל המבנים הללו ישומרו וישופצו, ואף אחד מהם לא ייהרס או ייפגע. לא נמסר באיזה דרגת שימור יהיה בית הכנסת.