סודן מאשימה את ישראל בפיגוע שאירע בעיר הנמל פורט סודן. כך לפי דיווח של סוכנות הידיעות הסודנית הרשמית (יום ג', 22.5.12).
סוכנות SUNA דיווחה על פיגוע התופת שאירע כ-680 קילומטרים צפונית מזרחית לבירה חרטום. שר החוץ הסודני, עלי כרתי, אמר בראיון לערוץ א-שורוק כי הוא מניח שישראל היא העומדת מאחורי פיצוץ רכבו של סוחר הנשק הסודני. לדברי שר החוץ, האופן בו בוצע הפיגוע דומה לזה אשר לטענתו ביצעה ישראל באזור הים האדום בעבר. "מדינת היישות הציונית מדמיינת כי סודן תומכת בחלק מהפלגים הפלשתינים", אמר כרתי.
באפריל 2011 האשימה סודן את ישראל במותם של שני בני אדם בפורט סודן בעקבות פגיעת טיל במכונית נוסעת. בירושלים סירבו להגיב לטענה.