הרמטכ"ל לשעבר, גבי אשכנזי, ומי שהיה עוזרו, אל"מ ארז וינר, סופגים את מירב הביקורת בדוח מבקר המדינה על פרשת הרפז (יום א', 6.1.13). לצד זאת, נמתחת ביקורת גם על שר הביטחון, אהוד ברק, ועל ראש מטהו, יוני קורן.

את הדוח בעיקרו כתב המבקר לשעבר, מיכה לינדנשטראוס, אך הוא נושא את חתימתו של המבקר הנוכחי, יוסף שפירא. במבוא לדוח אומר שפירא: "הדעת לא סובלת את איסוף המידע והטיפול ב'מסמך הרפז' כפי שתוארו בדוח. מערכת היחסים ששררה בין ברק לבין אשכנזי ובין לשכותיהם, עכורה ומורכבת ככל שתהיה, לא יכולה לשמש צידוק להתנהלות הפסולה של איסוף המידע אודות ברק וסביבתו על-ידי וינר בידיעה - ולו חלקית - של אשכנזי, וכן להתנהלותם של אשכנזי ועוזרו בקשר למסמך הרפז. גם העובדה שנמצאו פגמים בהתנהלות ברק כלפי אשכנזי, לא היה בה כדי להוות עילה ולהצדיק התנהלות כאמור של הדרג הצבאי כלפי הדרג המדיני הנבחר".

עוד מדגיש שפירא: "אסור שבמדינת ישראל, שבה המערכת הביטחונית היא גם מהות קיומית וגם אתוס, יתערער האמון בראשי מערכת הביטחון בשל מסכת יחסים בלתי נסבלת עד כדי איבה וחוסר אמון ביניהם, ושהאחריות האישית והשכל הישר לא יגברו על מכשלה זו".

על פני קרוב ל-300 עמודים מתאר הדוח את הידרדרות היחסים בין ברק ואשכנזי ובין עוזריהם הקרובים, אשר אפשרה לבועז הרפז לנצל את קשריו משכבר הימים עם אשכנזי כדי לשתול בלשכתו את המסמך שזייף, ואשר התיימר להצביע על פעולותיו של יואב גלנט לצורך מינויו לרמטכ"ל. המבקר עומד בהרחבה על קשריו הפסולים של הרפז עם קצינים ועם בכירים במשרד הביטחון, שעמדו בניגוד להוראות הספציפיות בנוגע אליו ולעקרונות יסוד של ביטחון מידע.

המבקר אומר, כי כאשר אמר הרפז לאשכנזי שבידיו מידע על פעולות של ברק ולשכתו נגדו, הפנה אותו אשכנזי לווינר וכך נפתח ערוץ התקשורת בין השניים. בערוץ זה קיבל הרפז מווינר מידע על מינויים בצה"ל והעביר לו מידע על פעולות של ברק, כולל מידע שנועד להכפיש את שר הביטחון. המבקר קובע, כי התנהגותו של וינר הייתה פסולה ועמדה בניגוד לחוק יסוד צה"ל ולרוח הצבא. אשכנזי נושא באחריות למעשיו של וינר הן כמפקדו הישיר, והן משום שידע עליהן ולא עשה דבר כדי להפסיקן, ואף קיבל חלק מן המידע (כולל דרך אשתו רונית, שעמדה בקשר רצוף עם הרפז).

בנוגע לברק מגלה הדוח, כי הוא עצר אישור של הוראות פיקוד עליון בשל מחלוקת עם אשכנזי על ניסוח אחת מהוראות אלו. ברק סירב לאשר למעלה מ-150 מינויים של אלופי-משנה ותתי-אלופים בשמונת החודשים האחרונים לכהונתו של אשכנזי, וזאת בניגוד למקובל; הוא אישר לבני גנץ כמעט את כל המינויים בתוך חודשיים. לעומת זאת, אישר ברק את יוזמותיו של גלנט למינוי סגן רמטכ"ל ודובר צה"ל, עוד בטרם סיים אשכנזי את כהונתו - בניגוד להוראות הנוהל. ברק גם פגע ללא הצדקה באשכנזי ובדובר צה"ל, תת-אלוף אבי בניהו.

על ראש הממשלה, בנימין נתניהו, אומר הדוח, כי היה עליו לנקוט בפעולות מעשיות ליישוב ההדורים בין ברק לאשכנזי - אך הוא לא עשה זאת. לצד זאת קובע הדוח, כי בניגוד לטענותיהם של ברק ואשכנזי - לאיש מהם לא הייתה תוכנית פעולה לפגיעה באחר. עוד הוא קובע, כי אשכנזי ומקורביו לא נטלו חלק בקביעת מועד פרסומו של מסמך הרפז, אשר הועבר לערוץ 2 בתיווכו של אל"מ (מיל.) גבי סיבוני ובמעורבותו של ראש המוסד כיום, תמיר פרדו.

עוד מעיר המבקר: "לצד עצמאותה, השפעתה וחשיבותה של התקשורת האלקטרונית והכתובה, נחשף צוות הביקורת לא אחת לפעילות עיתונאית יזומה, שבה בלטה ההזדהות עם צד זה או אחר, תמיכה שהפכה למחנאות של ממש. זו תופעה לא בריאה שלא נמצאה כמותה בעבר בממדים כאלה. יש לקוות, כי הדברים לא יחזרו על עצמם בעתיד והלקחים הראויים יופקו".