הרבנות הראשית לישראל נוקטת עמדה המצדדת בתוכנית הארגון-מחדש של משרד הדתות, ולמעשה נוקטת עמדה בעד השר
נפתלי בנט וסגנו אלי בן-דהן ונגד ההתנגדות לתוכנית, שהובעה מצד פוליטיקאים החרדיים.
בהודעת הרבנות הראשית נאמר (יום ג', 21.5.13) כי ההתנגדות המיוחסת לרבנות הראשית לישראל להצעת השינוי של המשרד לשירותי דת בנושא אזורי רישום הנישואים אינה נכונה.
דובר הרבנות, זיו מאור, מסר כי אתמול הציג סגן שר הדתות את תוכניתו בפני הרבנים הראשיים ובפני חברי מועצת הרבנות הראשית לישראל, וכי לאחר הצגת הדברים הוסכם כי המשרד והרבנות יפעלו יחד לשיפור השירות לאזרחים, לרבות בסוגיה של רישום נישואים, תוך תיאום מלא, התחשבות בקשיים ההלכתיים והמינהליים שהתוכנית מעלה ופתרונם.
אחד ממתנגדי התוכנית, ח"כ יעקב אשר (יהדות התורה), אמר כי ברית לפיד בנט חיה וקיימת וכי הוא ממשיך למלא באופן עקבי את רצונותיהם של מצביעי מפלגת יש עתיד. לדבריו, התוצאות ההרסניות, כלשונו, של ״מהפכה״ זו עלולות לקעקע באופן חמור את מוסד הרבנות היהודי.
אשר הציע בציניות כי בהמשך להנגשת השירות המוצעת יוכל כל אזרח בישראל לבחור לעצמו את פקיד השומה החביב עליו שלא באזור מגוריו ולהגיש את תוכניות הבנייה לכל ועדה מחוזית בארץ, לאו-דווקא לזאת של העיר שבה הוא מתגורר "ובכך נביא לתחרות וליצירתיות גם בתחומים הללו". ״פשוט מגוחך לראות מה מוכנים לעשות אנשי ציבור כדי להיכנס לתחרות הרפורמות ולקושש קצת סימפתיה ואולי קצת קולות בקלפי על חשבון המסורת והערכים עליהם נבנה הבית היהודי האמיתי מזה דורי דורות״, דבריו.
בתוך כך דיווח היום יאיר אטינגר בעיתון הארץ, כי הרב הראשי לצה"ל לשעבר, תת־אלוף במילואים
אביחי רונצקי, הוא מעתה ראש “מינהלת הזהות היהודית” במשרד לשירותי דת, גוף שמוקם בימים אלה בהתאם להסכם הקואליציוני ומגבש תוכניות שמטרתן להנחיל ערכים יהודיים לציבור. על-פי הדיווח, המינהלת מוקמת על-פי דגם יחידת “תחום תודעה יהודית”, שאותה הקים הרב רונצקי בצבא.