בדיון בוועדת הפנים והגנת הסביבה, שקדם לדיון בוועדת הכלכלה נדונו השלכות הסביבתיות של המיזם.

בפתח הישיבה ביקרה ח"כ מירי רגב, יו"ר הוועדה, את שר התחבורה באופן חריף על כך שהחרים את הדיון ולא שלח את נציגיו. היא אמרה כי תדון בנוהג פסול זה עם יו"ר הכנסת. עם זאת, ציינה כי מדובר בפרויקט שיש לו היבטים חיוביים רבים, כגון: שכלול הובלת סחורות וקירוב הפריפריה. היא הדגישה כי מדובר בדיון ראשון בסדרה של דיוני עומק שיתייחסו לפרויקט ואמרה כי תתמוך בערר שהגיש השר להגנת הסביבה על החלטת הממשלה לקדם את המיזם.

השר להגנת הסביבה, ח"כ עמיר פרץ, ביקר גם הוא את שר התחבורה שמנע מנציגיו להגיע לדיון ואמר כי הנושא רלוונטי מאד לוועדת הפנים, שכן תוכנית הפרויקט אושרה בוועדת שרים לענייני פנים. עוד אמר כי אינו אוהב שמנסים לומר שהיחס לפרויקט מחלק את העולם לאוהבי הנגב ושונאי הנגב. הוא הדגיש כי הוא אוהב מאד את הנגב ויעשה הכל כדי לקרב את תושבי הפריפריה למרכז. עם זאת אמר כי הוא "מגן על זוחלים בגאווה כמו גם על בני האדם". הוא הדגיש כי כלל המשמעויות הסביבתיות והכלכליות לא נשקלו עדיין וכי מבחינה סטטוטורית, כדי לאשר את התוכנית יש לבצע ביטול הכרזה של שמורת טבע שדרכה עובר תוואי הרכבת וכי כדי לבצע הליך זה התוכנית חייבת לעבור את מועצת רשות הטבע והגנים, השר להגנת הסביבה ויו"ר ועדת הפנים והגנת הסביבה. הוא סיכם ואמר כי על הפרק עומדים שלושה נושאים: גורלה של העיר אילת, גורלה של הסביבה ומניעת פגיעה בה וקיום של הליך פורמלי תקין.

ניר פפאי אמר בדיון כי החברה להגנת הטבע דרשה מהוועדה המחוזית של מחוז דרום לדון במטרות הפרויקט ולבחון את הפרויקט לאור המטרות המוצהרות, אך הוועדה סירבה לעשות כן. פרופ' ערן פייטלסון הראה כי המטרה העיקרית של הפרויקט, להוות גשר יבשתי להובלת מכולות, אינה כדאית. קיימות כ-12 תחנות מעבר בין נמל אילת לאשדוד ועלות העברת מכולה תהיה 800 דולר ארה"ב בהשוואה ל-30 דולר הנגבים כיום בהעברת סחורות דרך תעלת סואץ. עוד אמר כי רוב הנוסעים ברכבת הם נופשים בעלי ערך זמן נמוך וכי הרכבת תהיה רכבת "עוקפת נגב" ולא תעצור ברוב יישובי הנגב והערבה. הוא הוסיף ואמר כי הרכבת תתחרה בשדרוג שדרה התעופה לאילת ולבסוף המדינה עלולה להישאר עם שני פרויקטים גרעוניים. מבחינה כלכלית, מדינת ישראל תשלם את המחיר. הסינים שאמורים לבנות את המסילה מקבלים תשלום מלא עבור עבודתם. בנוסף, צפוי נשק סביבתי כבד למערכות טבעיות בנגב ובערבה ולשמורת האלמוגים באילת.

היו"ר רגב תהתה האם שר הפנים, גדעון סער, דן בסוגיות החברתיות והכלכליות. כמו-כן אמרה כי לא נכון לעסוק בתכנון מפורט קודם לביטול ההכרזה על שמורות טבע. היא הדגישה כי ועדת הפנים לא תהיה חותמת גומי וכי ראוי ששר הפנים יעדכן את הוועדה במהלכים משמעותיים. רונית מזר, מנהלת אגף בכיר לתכנון נושאי במשרד הפנים, אמרה כי תוואי הרכבת אושר כבר בעבר וכי ישנן שלוש החלטות ממשלה לקידום תכנון הרכבת. עוד אמרה כי משרד המשפטים חיווה את דעתו כי רק לאחר קבלת החלטה על הפקדת תוכנית יש לפנות אל מועצת רשות הטבע והגנים בבקשה לבטל הכרזה על שמורת טבע, ולכן מנהל התכנון של משרד הפנים החל בפעולות התכנון. היא הדגישה כי לדעתה התוכנית אינה גורמת נסק סביבתי רב וכי מדובר במעבר של כ-11 ק"מ במדבר שרובם במנהרה או בשטח מופר. מיכה קוטלר מלשכת התכנון במחוז דרום, סקר בפני הוועדה את התהליכים הסטטוטוריים שהתוכנית עברה. מדבריו עלה שעדיין אין לרכבת כל יעד סופי באילת. ח"כ רגב אמרה כי אינה מבינה כיצד מתכננים רכבת שלא מגיעה לשום מקום. ח"כ חנין הגיב בהומור ואמר כי "אילת היא עיר האטרקציות. עכשיו יש אטרקציה חדשה - רכבת לשומקום". הוא ביקר באופן חריף את היעדרות נציגי משרד התחבורה ואמר כי "מדובר בפגיעה בכל סדרי שלטון". עוד אמר כי דווקא בגלל שהוא מאוהב בנגב הוא מתנגד לפרויקט. "מדובר בגזר דין מוות לכל היישובים שלא יהיו בתוואי הרכבת ובאסון למפרץ אילת. השאלה הגדולה היא מי עומד מאחורי הפרויקט. מי גוזר את הקופון?".

עו"ד תומר רוזנר, היועץ המשפטי לוועדה, הסביר כי אי-אפשר יהיה לקדם את התוכנית ללא ביטול ההכרזה על שמורת טבע והליך זה מתבצע רק באישורה של ועדת הפנים. העובדה שלא הייתה כלל פנייה לוועדה, מראה כי המוסדות מתעלמים מהליך תקין של תכנון ובנייה.

בסיכום הדיון אמרה ח"כ מירי רגב: "מדינת ישראל לא תרד מהפסים. וועדת הפנים בראשותי לא תאפשר רכבת לאילת ללא בחינת עומק של הפרויקט", אמרה ח"כ רגב. היא אמרה כי הדיון הראשון יעסוק בצעדים שנקט משרד הפנים בתכנון הפרויקט. בדיון השני יועלו היבטים של שמירת טבע ובדיון השלישי הוועדה תעסוק במשמעות רכבת עבור תושבי אילת. היא ביקשה כי יישלח לשר הפנים מכתב בו הוא מתבקש לעדכן את ועדת הפנים בהחלטות משמעותיות של ועדת השרים לענייני פנים, בראשותו. עוד ביקשה כי יישלח מכתב ליו"ר הכנסת, יולי יואל אדלשטיין המוחה על החרמת הדיון על-ידי שר התחבורה. בסיכום הדיון אמרה כי תפנה אל רה"מ ותעלה את הסוגיות השונות שעלו בדיון, בראייה כוללת של הפרויקט, תוך כדי יידוע השרים הנוגעים בדבר: אוצר, תחבורה, משפטים והגנת הסביבה.