השר לביטחון פנים, יצחק אהרונוביץ', קיבל (יום ב', 28.10.13) את המלצת המפקח הכללי של המשטרה, רב-ניצב יוחנן דנינו, לפטר את ניצב ניסו שחם מתפקידו. זאת לנוכח הגשת כתב האישום נגדו בגין עבירות מין.

"ניצב שחם הינו קצין עתיר ניסיון שזכה לאותות הערכה והצטיינות. עם זאת, נוכח חומרת האישומים המיוחסים לו בכתב האישום, פיטוריו הם מחוייבי המציאות", לשון הודעת המשרד לביטחון פנים.

באוגוסט 2013 ביקש ניצב שחם לפרוש פרישה מוקדמת אך באותה העת לא מצא לנכון המפכ"ל להיענות לבקשתו, מאחר שהחלטת המחלקה לחקירות שוטרים ביחס לכתב האישום נגדו עתידה הייתה להתקבל תוך זמן קצר.

ב-17 באוקטובר, לאחר הגשת כתב האישום נגדו, העביר ניצב שחם בקשה חדשה לפיה הוא מבקש לפרוש, תוך ויתור על חופשת הפרישה העומדת לזכותו. המפכ"ל בחן את הבקשה ואת עמדות הגורמים המקצועיים והחליט שלא להיעתר לבקשתו.

לאחר הגשת כתב האישום, ולאחר שנמסרה לניצב ניסו שחם הודעה כי נשקלים פיטוריו מהחיל וכי הוא זכאי לעריכת שימוע, הודיע ניצב שחם כי הוא מוותר על עריכת השימוע.

מן המשטרה נמסר כי המשך שירותו של ניצב שחם נבחן על-ידי גורמי משמעת והיועץ המשפטי, ונמצא כי לאור חומרת כתב האישום ונסיבות האירועים המיוחסים לו יש מקום להמליץ על פיטוריו מן המשטרה.