המשנה למנכ"ל משרד מבקר המדינה, שמואל יונס, טוען שהמבקר יוסף שפירא הדיח אותו לאחר שחשף התנהלות בלתי תקינה של שפירא בנוגע לבניית משרד המבקר בירושלים - פרויקט שהיקפו 200 מיליון שקל. לדברי יונס, המהלך בא חודש וחצי לאחר שפנה ליועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין, וטען בין היתר לניגוד עניינים העולה עד כדי שחיתות מצד שתי חברות הפועלות בפרויקט.

יונס, המכהן בתפקידו מזה 18 שנים, מבקש מבית הדין האיזורי לאסור על שפירא לערוך לו שימוע לפני פיטורין, ולהורות לו שלא לדון כלל בשאלת פיטוריו. זאת, מכוח חוק ההגנה על עובדים המעניק הגנה בגין חשיפת עבירות ופגיעה בטוהר המידות או במינהל התקין. בנוסף מתבקש בית הדין להורות לשפירא לבטל את החלטתו להעביר את יונס מתפקידו כאחראי מטעם המשרד בפרויקט.

לטענת יונס, שפירא הודיע לו על כוונתו לערוך לו שימוע בנימוק של אי-התאמה. לדבריו, הודעה זו נמסרה לו לאחר שהעלה טענות נוספות הנוגעות לשחיתות בפרויקט ולאחר שהציג את עמדתו כבעל תפקיד בכיר במשרד וכאחראי מטעם המשרד על הפרויקט, לפיה שפירא נהג שלא כדין בנוגע לעניינים הקשורים בפרויקט ובניגוד לכללי מינהל תקין.

בפנייתו טוען יונס, באמצעות עוה"ד יהושע רזניק וציון סהראי, כי מיד לאחר שהעלה את טענותיו נגד שפירא ובנוגע לשחיתות בפרויקט, החל שפירא פוגע במעמדו ובסמכויותיו. תחילה הועבר מתפקידו כאחראי מטעם המשרד על פרויקט, וזאת ללא סמכות ושלא כדין, ולבסוף כאמור בכוונה לפטר אותו.

לטענת יונס, בתגובה למכתב בו העלה טענות קשות לגבי הפרויקט, התקיף אותו שפירא בצורה אישית וחריפה בנוגע למילוי תפקידו כמשנה למנכ"ל וכאחראי המשרד על הפרויקט, וטען כנגדו דברים שלא היו ולא נבראו הנוגעים לאמינותו ויושרו וכן לגבי התנהלותו כאחראי על הפרויקט.

לדברי יונס, ללא כל קשר למכתבו של שפירא אליו, הוא פנה לעו"ד מנשה אילני, סגן בכיר ליועצת המשפטית במשרד, וביקש ליידע אותה, כי הובא לידיעתו מידע הנוגע לחברה האדריכלית בפרויקט קולקר-קולקר-אפשטיין ולחברה המפקחת וקסמן-גוברין-גבע. לפי המידע, שתי החברות שותפות בחברת וקסמן-גוברין-פלדחי קולקר-קולקר-אפשטיין ניהול פרויקטים ואדריכלות, דבר שיש בו כדי להקים חשש ממשי לקיומו של ניגוד עניינים חריף אם לא למעלה מכך, ואשר יש בו פוטנציאל ממשי לשחיתות חמורה עוד יותר. אולם, הוא טוען, דבר לא נעשה בקשר לכך ושפירא השיב שאינו רואה כל בעיה במצב שתואר.