היועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין, ופרקליט המדינה, שי ניצן, הורו למשטרה (יום ה', 11.9.14) לפתוח בחקירה פלילית נגד נשיא בית המשפט המחוזי בנצרת, יצחק כהן. החשדות נגד כהן לעבירות מין, מס ומרמה נחשפו בידי יואב יצחק, הועברו לידיעתו של ניצן ופורסמו ב-News1.

וינשטיין וניצן אימצו את המלצתו של ראש אגף החקירות, ניצב מני יצחקי, לאחר שבועיים של בדיקה שנפתחה בעקבות פנייתו של יצחק. החשדות לעבירות מין מתמקדים בקרובת משפחה של כהן העובדת כעורכת דין, כאשר לפי החשד הן בוצעו כאשר כהן כבר שימש כשופט. שתי בנות משפחה אחרות העידו על עבירות מין שביצע כהן גם בהן לטענתן, כאשר היו קטינות, אך ככל הנראה על מעשים אלו חלה התיישנות - אם כי המדינה תוכל להשתמש בהם כ"עדות שיטה" (בדומה לפרשת קצב).

כהן הכחיש בתוקף את החשדות נגדו וטען עם תחילת הבדיקה, כי מדובר בנקמנות מצד "קרוב משפחה מעורער בנפשו" שנתפס בגניבה ואיים שיתפור לו תיק. כפי שנחשף ב-News1, לדברים אלו אין יסוד ואחת מבנות המשפחה אף סיפרה במפורט מה המעשים שלטענתה ביצע בה כהן.

בשבוע האחרון התגבר החשש שכהן מנסה לשבש את החקירה, בין היתר באמצעות הפעלת לחצים ישירים ועקיפים על המתלוננות - שיחזרו בהן או שלא יעידו כלל. מעשים אלו זירזו את הבדיקה ותרמו להחלטה לעבור לחקירה מלאה. כהן הודיע השבוע שהוא יוצא לחופשה, בנימוק שהתכוון ממילא לעשות זאת בסוף החודש לקראת חתונת בתו. לעומת זאת אמרה שרת המשפטים, ציפי לבני, כי היא הבהירה שעל כהן לצאת לחופשה. בכל מקרה, חקירה פלילית גלויה מחייבת שופט להשעות את עצמו.

כהן הופיע ברשימת 15 המועמדים לבית המשפט העליון לקראת בחירת שני שופטים ב-22.9.14, אך לבני והנשיא אשר גרוניס הודיעו על הסרתו בעקבות פתיחת החקירה.

לבני גם הודיעה, כי תפעל לבדיקת הטענות לפיהן פרקליט המדינה דאז, משה לדור, ידע כבר לפני שנתיים על הטענות נגד כהן, אך לא העביר את המידע לידיעתם של וינשטיין וגרוניס. לדברי לבני, בראיון בערוץ 2, הוא לא תתן את ידה לטיוח במערכות המשפט ואכיפת החוק, ותפעל לברר האם מאן דהוא לא מסר את המידע כפי שהיה עליו לעשות. גורמים משפטיים טענו מוקדם יותר, כי לדור בדק את הטענות, אך משהמתלוננת סירבה למסור עדות - לא מצא לנכון לקדם את החקירה וליידע את וינשטיין וגרוניס.