חברת אפיקים זכתה במכרז שהוציא משרד התחבורה להפעלת התחבורה הציבורית בין אשדוד לתל אביב, ביבנה ובישובים סביב אשדוד, יבנה ורחובות. המכרז כולל תוספת של כ-55% בממוצע של נסיעות שירות, לעומת הקווים המופעלים כיום.

במכרז ניתן דגש מיוחד ליישובים שלא שורתו עד כה על-ידי תחבורה ציבורית, בהם ישובי קבוצת יבנה - בני רא"ם, חצב, יד בנימין, רבדים, כפר מרדכי וכפר אביב.

המכרז החדש כולל קווים חדשים דוגמת קו חדש ומהיר בין יבנה לתל אביב, קו חדש בין אשדוד לפתח תקוה וקו חדש בין אשדוד למכללת קריית אונו. הפעלתו של הקו מהיר בין אשדוד לתל אביב (319) העובר בנתיב תחבורה ציבורית על נתיבי איילון הוקדמה בעקבות פתיחתו של נתיב חדש בכביש 20, והוסטו אליו נסיעות גם מקו 320. גם קו זה יישאר בידי אפיקים. במסגרת אשכול קווים זה יופעלו כ-200 אוטובוסים חדישים, רובם מדגם יורו 6.

במכרז זה היו רשאיות להתמודד רק שמונה חברות שזכו במיון המוקדם (PQ), בהן מטרופולין, קווים, סופרבוס, נתיב אקספרס וחברת תנופה הנמצאת בבעלות מאיה טורס, מוני סיטון ויורנטה הספרדית. קווים אלה הופעלו עד כה על-ידי קואופרטיב אגד וחברת קונקס, שפעילותה עברה לידי אפיקים.

אפיקים היא חלק מקבוצת סלע אחזקות. החברה הוקמה במסגרת רפורמת התחבורה הציבורית, בה זכתה "אמנון מסילות בע"מ" במכרז "אשכול השומרון" להפעלת קווי תחבורה ציבורית בשומרון. בעקבות הזכייה במכרז זה הוקמה ב-2008 חברת "אפיקים - שירותי תחבורה מתקדמים בע"מ".

במהלך שנת 2013, רכשה חברת אפיקים את פעילות התחבורה של חברת ויאוליה (קונקס) ובכך הגדילה את השרות ליעדים נוספים. כיום החברה מפעילה תחבורה ליעדים מרכזיים כשהבולטים בהם הם אשדוד, יבנה, טבריה ואשכול ירושלים-בני ברק.

החברה מפעילה כיום כ-145 קווי תחבורה ציבורית ומחזיקה בצי רכב העולה על 350 כלים. החברה מפעילה תחבורה ציבורית בקווים עירוניים, בינעירוניים וקווים ממוגנים.