משרד המשפטים מציע לבטל את התקנה לשעת חרום המאפשרת לרמטכ"ל להקים בתי משפט צבאיים בשטח ישראל. לדברי המשרד, בתזכיר חוק שהפיץ (יום ה', 4.12.14) לקבלת תגובות, אין צורך גם באפשרות תיאורטית זו.
בשנים 2000-1967 הוקמו בתי משפט צבאיים בשטח ישראל לדיון בענייניהם של מחבלים. האחרון שבהם פעל בעיר לוד עד שהחליט היועץ המשפטי לממשלה בשנת 1999 לסגור אותו ולהעביר את הטיפול במחבלים לבתי המשפט האזרחיים. עם זאת, האפשרות להקים בית משפט צבאי בישראל נותרה בעינה.
לדברי משרד המשפטים, "אין עוד מניעה לביטול של הסמכות להקמת בתי משפט צבאיים בישראל לפי תקנות ההגנה. זאת, לאחר שהוברר כי המערכת האזרחית תוכל להתמודד, בעת הצורך, גם עם מצבי קיצון, וכי אין הצדקה להפעיל, ולו גם בנסיבות כאלה, את מערכת בתי המשפט הצבאיים.
"בתי המשפט הצבאיים מהווים ערכאה אשר נועדה לדון נאשמים בעבירות ביטחון חמורות. כאשר מדובר בהעמדה לדין גם של אזרחי ישראל, בתוך שטח ישראל, ראוי להימנע במידת האפשר מהעמדתם לדין בפני בית משפט צבאי, ולא בפני בית משפט פלילי אזרחי. מומחיותם של בתי המשפט האזרחיים ונסיונם בנושא עבירות הביטחון, אינם נופלים כיום מאלה של הערכאות הצבאיות, ולכאורה לבתי המשפט הצבאיים אין כל יתרון במישור המשפטי או המהותי בקיום דיונים אלה".
