בית המשפט העליון רומז (יום ב', 8.12.14), כי לא יתערב בהסדר הטיעון שנחתם עם הרב יאשיהו פינטו וכי לא יורה להעביר את עניינו של תת-ניצב אפרים ברכה לחקירת מח"ש.

כך עולה מדבריהם של השופטים בהמשך הדיון (יום ב', 8.12.14) בעתירות נגד ההסכם עם פינטו ובדרישה לפתוח בחקירה נגד ברכה, לנוכח טענותיו של פינטו בדבר תשלומים קודמים שהעניק לו. במסגרת ההסדר יודה פינטו במתן שוחד של 100,000 דולר לברכה והמדינה תבקש להטיל עליו עונש של שנת מאסר בפועל.

השופט אורי שהם אמר ליו"ר התנועה לאיכות השלטון, עו"ד אליעד שרגא, בנוגע לעתירתו נגד ההסדר: "היו פגמים בהתנהלות המדינה, אך גם אם דעתנו אינה נוחה - נחתם עימו הסדר טיעון במסגרתו תבקש המדינה שנת מאסר. אולי היה צריך לחשוב על עונש ארוך יותר ועל כתב אישום חמור יותר, אבל בגדול - טענותיכם נענו".

שהם הוסיף: "יש כאן כתב אישום על שוחד ושנת מאסר. הציפייה שלכם היא לבטל את כתב האישום ואז להגיש כתב אישום חדש נגד פינטו - על מה?". ואילו המשנה לנשיא מרים נאור אמרה לשרגא, כי טענותיו צריכות להתמודד עם הפסיקה בנוגע להימנעות בג"ץ מהתערבות בשיקול דעתן של רשויות התביעה.

בנוגע לבקשה לחקור את ברכה שאל שהם את בא-כוח אומ"ץ, עו"ד יובל יועז, מהו הפגם שלטענתו נפל בבדיקה המשטרתית בנושא. יועז השיב, כי מדובר בעיקר בכך שברכה לא נחקר כחשוד. שהם הגיב: "ההרגשה שלי שנגבו כל העדויות וחקרו את מי שצריך". השופט אליקים רובינשטיין התייחס להסכמתו של ברכה להקליט את פינטו ואמר, כי מי שמסכים להקלטה - אינו יודע מה ייאמר, ולכן ברכה לא היה נוטל סיכון שהוא יופלל אם נפל פגם במעשיו. גם שהם התייחס לנקודה זו: "בלתי סביר לחלוטין שאדם שמקבל שוחד יקליט את המשחד בלי שיידע מה הוא יגיד; זה סיכון אדיר".

נאור: "שווה בנפשך שהפרקליטות מגיעה למסקנה שהיא לא מצאה פגם בהתנהגותו של ברכה, בלי לחקור אותו באזהרה. אז למה לחקור אותו באזהרה? כדי לשים לו תווית של עבריין? הייתה חקירה. אומנם לא באזהרה, אבל הייתה חקירה".

שהם: "למה להכתים אותו מראש בחקירה באזהרה?". נאור: "צריך לרגום אותו באבנים? הפרקליטות צריכה לעבור את כל הטכס הזה?". רובינשטיין: "גם בהנחה שאדוני צודק, הפרקליטות והיועץ המשפטי עומדים על עמדתם; האם זה לא מרפא את הפגם לו אתם טוענים?". נאור: "אתם הופכים אותנו לפרקליט-על ורוצים שנבחן את הראיות".

לעורכת דינו של ברכה, אירית נחמני, אמר רובינשטיין: "כל התופעה הזאת, של קציני משטרה שמסתובבים בחצרות של רבנים, זה לא מתאים".