אלוף משנה בדימוס, ד"ר אמיר בר-אור, החוקר ומלמד באוניברסיטה העברית בירושלים את הממשק שבין ממשלת ישראל לצה"ל, אומר כי בחוק יסוד צה"ל, שנחקק ב-1976 בעקבות מחדלי מלחמת יום הכיפורים ופרסום מסקנות ועדת החקירה הממלכתית בראשות השופט שמעון אגרנט, לא נקבע מעמדו ותפקידו של ראש הממשלה ביחס למערכת הביטחון. "זהו ליקוי חמור מאוד והייתה לו השפעה שלילית חמורה, שהרי ראש הממשלה הוא ראש הקבינט המדיני-ביטחוני, והוא שחקן מרכזי בתחום הביטחון. ראש הממשלה, שר הביטחון והרמטכ"ל קובעים ומשפיעים יותר מכל על מערכת הביטחון של ישראל ועל האירועים הביטחוניים. מלחמת לבנון השנייה ומבצע צוק איתן הראו שממשלת ישראל אינה מסוגלת להגדיר לצבא יעדים מדיניים עם יציאתו למבצע צבאי".

ד"ר בר אור, שדיבר במסגרת חלקה הראשון של "סדנת אלפרדו למלחמה הבאה" הוסיף כי "תפקיד הממשלה, כגוף נבחר על-ידי הציבור בישראל, הוא להגדיר לצה"ל מה מצפים ממנו. ומתוך המטרה המדינית על צה"ל לגזור את המשימות הצבאיות". לדבריו, אם בוחנים לאורך זמן את קבלת ההחלטות הממשלתיות, ערב יציאה למלחמה, מאז הקמת המדינה, הרי שבן-גוריון הוא שתפקד בצורה הטובה ביותר ערב מלחמת העצמאות. "לעומת זאת, במקום אחרון ומאוד לא מכובד, תפקד אהוד אולמרט, ערב היציאה למלחמת לבנון השנייה. הממשלה לא הגדירה אז דבר לצה"ל. הממשלה החליטה להפציץ את הטילים ארוכי הטווח בפאתי ביירות, וחבריה לא הבינו שבכך הם יוצאים למלחמה. אחד השרים שאל את הרמטכ"ל, דן חלוץ, 'ומה הלאה?' חלוץ השיב: 'נראה איך הדברים יתפתחו!'"

"למחרת, קיבל אולמרט מסמך שהוכן באגף התכנון של צה"ל, ובו בלִילָה של הגדרות מדיניות עם מטרות צבאיות. עם מסמך זה עלה אולמרט על במת הכנסת וקרא אותו מילה במילה. היו שכינו אותו 'צ'רצ'יל הישראלי!!! איזה צ'רצ'יל ואיזה..."

אביתר בן-צדף, העורך לשעבר של כתב-העת "מערכות", טען בדיון, אותו הנחה הפילוסוף הביטחוני וההיסטוריון הצבאי ד"ר אורי מילשטיין, אמר ש"בישראל לא תהיה מהפכה צבאית, כי הצבא שולט במדינה. הגנרלים קובעים את האסטרטגיה הישראלית ומבטיחים לעצמם נתח נכבד מתקציב המדינה. הדבר מקנה להם גם חופש תקציבי וגם תנאי שירות משופרים מאוד".