בג"ץ קובע, כי השב"כ מוסמך לערוך תחקורים למי שעלולים להיות מעורבים בפעילות בלתי חוקית - אך מטיל מספר מגבלות על עריכתם, ובראשן החובה להודיע לנחקר שאינו חייב להתייצב לתחקור.

האגודה לזכויות האזרח עתרה לבג"ץ בשנת 2013, בטענה שהשב"כ מזמן פעילים פוליטיים לתחקורים במטרה להרתיע אותם מפעילותם הלגיטימית, ואף מאיים שייעצרו אם לא יתייצבו. בעקבות העתירה שינה השב"כ את הנהלים הנוגעים לתחקירים, אך המשנה לנשיאת בית המשפט העליון, אליקים רובינשטיין, החליט (יום ג', 7.2.17) שאין בכך די.

לדברי רובינשטיין, העתירה מציפה שוב את המתח שבין שמירת זכויות הפרט לבין ביטחון המדינה. הוא קובע, שקיום התחקורים הוא חלק מתפקידו של השב"כ, וכי השירות רשאי לפעול כאשר הוא חושש מפני חתרנות - מושג אותו מסביר השב"כ כ"פעילות, אף בלתי אלימה, שיש בה היבטים חשאיים, הנובעת ממניעים אידיאולוגיים או מאינטרסים של גורמים זרים, אשר מטרתה או תוצאתה המסתברת היא עבירה על החוק או סיכון ביטחון המדינה, או פגיעה בסדרי המשטר הדמוקרטי או מוסדותיו או פגיעה באינטרסים ממלכתיים חיוניים אחרים לביטחון הלאומי של המדינה אותם קבעה הממשלה בהתאם לחוק השב"כ".

רובינשטיין מדגיש, כי השב"כ אינו רשאי לפעול נגד פעילים פוליטיים, ואולם "אין עניינם של התחקורים אותם עורך השב"כ -
לפי הצהרתו, ואיני סבור שבידינו עילה לפקפק בה - בפעילות פוליטית או מחאה חוקית גרידא, אלא בחשש לפעילות בלתי חוקית העולה כדי חשש לפגיעה בביטחון המדינה, אגב פעילות פוליטית או מחאה חוקית". לבסוף, קובע רובינשטיין כללים אלו:

"א. הזמנת אדם לתחקור שבבסיסו פעולת חתרנות שלא נלווים לה טרור וריגול תיעשה אך לאחר היועצות עם הייעוץ המשפטי של השב"כ, אשר יתן דעתו היטב לפגיעה הפוטנציאלית בזכויות המתוחקר ולאיזונה של הפגיעה במקרה הקונקרטי עם האינטרס הביטחוני.

"ב. לאחר שהתקבל אישור הייעוץ המשפטי לעריכת תחקור מעין זה, במעמד זימונו של האדם לתחקור, בין אם על-ידי השב"כ בין באמצעות המשטרה, יובהר למתוחקר כי מדובר בתחקור וולונטרי וכי הוא אינו מחויב להתייצב אליו. בתוך כך, זימון לתחקור לא ייעשה באמצעות טופס המזמין את המתוחקר ל'חקירה' אלא יובהר בצורה מתאימה כי אין מדובר בחקירה.

"ג. עוד יובהר למתוחקר, במעמד התחקור, כי כיון שאינו נחקר באזהרה, לא ניתן יהא לעשות שימוש בתוכן הדברים כנגדו בבית משפט.

"ד. דרושה חשיבה נוספת בשב"כ, בשיתוף היועץ המשפטי לארגון והיועץ המשפטי לממשלה, באשר לכריכה בפועל בין חתרנות 'טהורה' לבין פעילות חתרנות שיש לה זיקה לפעילות או ליעדי טרור, לפחות בהקשר נשוא ענייננו, היינו השיחות הקודמות לתחקור. בעקבות חשיבה זו יונחו גורמי החקירה על-ידי הייעוץ המשפטי".

המדינה חויבה בתשלום הוצאות בסך 15,000 שקל. השופטים צבי זילברטל וניל הנדל הסכימו עם רובינשטיין. את האגודה ייצג עו"ד דן יקיר, ואת המדינה - עו"ד דנה בריסקמן.