החשד נגד מיכאל מירילשוילי בפרשת אריה דרעי, שנחשף ב-News1, אינו הפעם הראשונה בה נקשר שמו של המיליונר לפרשת שחיתות. המדינה טענה, כי מירלישווילי היה מנותני השוחד לרב הראשי לשעבר, יונה מצגר. בפרשת דרעי נטען, כי כספים שתרם לגופי צדקה הקשורים לשר ולרעייתו יפה דרעי, הועברו לצרכים פרטיים של השניים.

בכתב האישום המקורי נגד מצגר נאמר, כי מירלישווילי והמיליונר אלכסנדר משקיף הוזמנו ביולי 2010 לחתונתו של מרדכי מצגר, בנו של הרב הראשי דאז. "עוד לפני החתונה נערכה שיחה בין חיים [אייזנשטט, נהגו של מצגר ועד המדינה] ליוני בן-דור, עוזרו של משקביץ, במהלכה סוכם בין השניים, כי הם יפעלו לכך שמשקביץ ומירילשוילי יתנו לנאשם טובת הנאה בשווי רב שתועבר כמתנה לכבוד החתונה".

עוד נאמר בכתב האישום המקורי, כי מירלישווילי ומשקביץ נתנו למצגר 250,000 דולר כל אחד - סכום השוחד הגדול ביותר שיוחס לו - באמצעות עוזרו של מירלישווילי, שבתאי אלון. הכסף הועבר בעשרה תשלומים של 50,000 דולר במזומן כל אחד, רובם - בביתו של מצגר בתל אביב. עוד נטען, כי אייזנשטט קיבל 10% מכל תשלום שכזה.

בכתב האישום המתוקן הוקטן הסכום ומסיבות שלא הובררו - נמחקו שמותיהם של השניים. מצגר הודה והורשע בכך שהזמין לחתונת בנו "שני אורחים אמידים". הוא "קיבל משני אורחים אלה טובת הנאה אשר ניתנה כמתנה לכבוד חתונת בנו, בסכום שלא פחת מ-100,000 דולר מכל אחד משני אורחים אלה, וזאת בעד פעולות שעשה ושעתיד היה לעשות הקשורות בתפקידו כרב הראשי לישראל". מירלישווילי, כמו נותני השוחד האחרים, לא הועמדו לדין וגם לכך לא ניתנה הנמקה מצד הפרקליטות. במסגרת ההסדר ביקש מצגר שלא להעמיד לדין את נותני השוחד - כנראה כדי לחסוך לו את הצורך להעיד בפומבי על מעלליו-שלו.