נחתם הסכם המאפשר עתה את מעבר עובדי המדינה מיחידת הסמך רפא"ל לחברה חדשה שהוקמה - רפא"ל בע"מ. ההסכם שנחתם ביום ד' (14.11.01) מסדיר את תנאי השכר ושמירת זכויותיהם של העובדים במסגרת החדשה. בכך הושלם עתה מהלך עליו החליטה הממשלה ב-1994.
במעמד החתימה השתתפו שר האוצר סילבן שלום, מנכ"ל משרד האוצר אוהד מראני, הממונה על השכר יובל רכלבסקי, מהנהלת רפא"ל יגאל סרברו, יו"ר האגף לאיגוד מקצועי בהסתדרות שלמה שני ועובדי המדינה ברפא"ל.
ברפא"ל קיימות שלוש קבוצות עיקריות של עובדים: עובדי מקצ"ט, עובדי מחקר, עובדי מדינה אחרים (טכנאים, מח"ר מנהלי ומינהל), עובדים חדשים שנקלטו ישירות לחברת רפא"ל.
ההחלטה לשנות את צורת פעילותה של רפא"ל, התקבלה בישיבת ממשלה מיום 11.94. ביום 1.1.95 נוסדה חברת רפא"ל בע"מ (אשר טרם הפכה להיות חברה פעילה). ההחלטה להמיר את פעילותה של רפא"ל מיחידת סמך לחברה בע"מ, נועדה בראש וראשונה להכניס פעילות זו למסגרות קשיחות - חשבון רווח והפסד. שכן, כיחידת סמך פעלה רפא"ל כזרוע של מערכת הביטחון, מבלי שנעשה היטב חשבון של עלויות ו/או תיכנון עיסקי ארוך טווח.
בעשור האחרון נערכו תוכניות הבראה רבות ברפא"ל, בעלות של יותר ממיליארד ש"ח. במשרד האוצר מנמקים זעד זה, בעלויות שכר גבוהות כתוצאה מהצמדה להסכמי השכר במגזר הציבורי, כישלונן של תוכניות ההבראה וגירעונות כספיים גדולים, הצורך ברענון כ"א - הצערה, גמישות ניהולית שתאפשר יכולת לצמצום מספר העובדים ושליטה על דיפרנציאציה בשכר (לעומת המגבלות שהיו קיימות כגון - קידומים הנקבעים על-ידי ועדות מקצועיות, תקן פתוח וכו') וכן חוסר קשר בין תוצאות עסקיות לשכר.
אחת מתוכניות ההבראה נערכה ב-1996: נחתם הסכם קיבוצי להעברת עובדי המקצ"ט מיחידת הסמך לחברה. עיקרי ההסכם היו: הורדת שכר של כ-%20, ניתוק מהסכמי שכר ארציים והצמדה למדד, פרישת 450 עובדים במהלך השנתיים הראשונות להסכם עד לחיסול הדירוג כולו והעברת עובדים צעירים (עד גיל 40) ישירות לשכר חברה.
באוגוסט 2000 נחתם הסכם נוסף: העברת עובדי המחקר לחברת רפא"ל בע"מ החל מיום 1.12.2000. עובדים אלו עברו לחברה במסגרת מודל "סגירה-פתיחה". קרי, פרישה מהמדינה במסלול של פנסיה מוקדמת ומעבר ב-1.12.00 לסטטוס של עובדי חברה בשכר חברה.
ממשרד האוצר נמסר, כי המו"מ עם עובדי המדינה התנהל לפי עקרון של השאלת עובדי המדינה לחברה תוך שימור מעמדם כעובדי מדינה והושלם בטכס החתימה האמור.