לא היה יסוד לחשדות הפליליים שהעלה
מבקר המדינה,
יוסף שפירא, כלפי מנכ"ל המשרד לאיכות הסביבה,
ישראל דנציגר, בנוגע למיכל האמוניה. כך עולה (12.12.17) מהודעתו של היועץ המשפטי לממשלה,
אביחי מנדלבליט, ולפיה דנציגר יכול לשוב ולעסוק בענייני המיכל. עם זאת, ההיבטים המשמעתיים של התנהלותו עודם נבדקים.
בחודש יולי הודיע שפירא, כי מצא חששות למעשים פליליים בטיפולן של רשויות המדינה בנושא מיכל האמוניה, תוך מתן עדיפות בלתי תקינה לחברת חיפה כימיקלים. שפירא העביר את המידע למנדלבליט, בהתאם לחוק המחייב אותו לנקוט בצעד זה כאשר קיים חשש לפלילים. משרד המבקר אמר, כי החששות נגעו "לטיפול גופי המדינה בנושא קידום פתרונות לאספקת אמוניה למשק לטווח הקצר והארוך".
המידע שבידי שפירא העלה חשש, כי הבחינה וההכרעה באשר לתיעדוף חלופות לייבוא האמוניה נעשו לכאורה באופן מוטה כדי להיטיב כלכלית עם חיפה כימיקלים, אגב מידור בעלי תפקידים רלוונטיים במשרד להגנת הסביבה ממעורבות בעניין. כמו-כן, מידע שנמסר לגורמים מוסמכים בנושא השתנה מהותית מפעם לפעם, ולא תאם לכאורה במלואו את העובדות לאשורן.
שפירא טעו, כי דנציגר היה מעורב בנושא בצורה משמעותית וחריגה. לדבריו, לכאורה לא קיים דנציגר את ההסדר למניעת
ניגוד עניינים שנקבע לו באוגוסט 2015, והתעורר חשש שפעל בנושא תוך ניגוד עניינים ובלא שהתייעץ בעניין זה לפני כן, כפי שהתחייב בהסדר, עם היועצת המשפטית של המשרד.
לדברי משרד המשפטים, דנציגר מסר עם כניסתו לתפקיד שהוא חבר ילדות של סמנכ"ל הכספים של חברת
כימיקלים לישראל, יעקב אלטמן - חברה לה יש זיקה לסוגיית מיכל האמוניה. בבירור כעת טען דנציגר, כי מדובר בהיכרות שטחית הנעדרת קשרים משותפים משמעותיים, וכי הזכיר את אלטמן רק לשם הזהירות.
גרסה זו של דנציגר עוררה קשיים, אומר משרד המשפטים, בשל הסתירה בינה לבין שאלון ניגוד העניינים, כמו גם לנוכח העובדה
שבמקרה אחר הוא נמנע דנציגר מעיסוק בעניין שהשפיע על חברת כי"ל. בעקבות כך הורה פרקליט המדינה,
שי ניצן, לאגף המשמעת בנציבות שירות המדינה לבחון האם דנציגר פעל בניגוד עניינים במסגרת טיפולו בנושא האמוניה.
בחקירת אגף המשמעת לא נשללו טענותיו העדכניות של דנציגר ולפיהן מאפייני הקשר בינו לבין אלטמן, כפי שתיאר אותם, מעידים על קשר שבעיקרו הסתיים לפני שנים רבות, ומאז היה שטחי מאוד ובלתי סדיר. בנסיבות אלו קבע האגף, כי דנציגר לא פעל בניגוד עניינים. עו"ד דני חורין ממחלקת ייעוץ וחקיקה קבע, כי אין מניעה שדנציגר ישוב לטפל בעניינים הנוגעים לסוגיית מיכל האמוניה וכי"ל, וכי במקביל תימשך בדיקת ההיבטים המשמעתיים של התנהלותו.
סאגת מיכל האמוניה נמשכת מספר שנים, כאשר רק החלטתה של עיריית חיפה שלא לחדש את רשיון העסק של המיכל היא שהובילה להוראת בג"ץ לסגור אותו בחודש ספטמבר השנה. השופט
חנן מלצר אף קבע לאורך הדיונים בתיק, כי האשמה מוטלת בראש ובראשונה על חיפה כימיקלים - שידעה במשך מספר שנים שהרישיון לא יחודש, אך לא עשתה דבר כדי לקדם חלופה. הוא גם מתח ביקורת על התנהלות משרדי הממשלה, אשר אפשרו את המשך פעילותו המסוכנת של המיכל ולא הציגו עמדה אחידה ומתואמת בסוגיה.