לא ניתן לבנות מעל בית כנסת באופן הגורע חלק ניכר משטח בית הכנסת, אם כי ייתכן שניתן יהיה לאשר תוכנית בנייה שתהיה פחות פוגענית בצורה משמעותית. כך קובע (יום א', 7.6.20) שופט בית המשפט העליון, יצחק עמית, במחלוקת על האפשרות של בנייה למגורים מעל בית הכנסת "נחלת יצחק" שברחוב טרומפלדור בתל אביב (מול בית הקברות הישן של העיר).

בית הכנסת הוקם בשנות ה-20 של המאה ה-20 ובו שתי קומות, כאשר עזרת הנשים שוכנת בקומה השנייה שבחלל המשותף לה ולעזרת הגברים. בשנת 1946 העניק ועד בית הכנסת במתנה את המבנה ל"קרן תורה ועבודה", המזוהה עם הפועל המזרחי (מאוחר יותר - חלק מן המפד"ל), תוך שהקרן מתחייבת "לקיים את הבניין הנ"ל בתור בית כנסת ובית מדרש, לתורה ולתפילה, לצמיתות". בשנת 2008 נודע לוועד, כי הקרן מתכוונת למכור את בית הכנסת, ובעקבות זאת נחתם הסכם ביניהם ולפיו "כל טרנזקציה שתחעשה בנכס תכלול תניה המכפיפה את [הקרן] להתחייבותה לקיים את הבניין נשוא ההסכם בתור בית כנסת ובית מדרש לתורה ולתפילה, לצמיתות". הסכם זה קיבל תוקף של פסק דין.

בשנת 2010 מכרה הקרן את הבניין ב-3.4 מיליון שקל לתומר מרקוביץ, מרדכי בדור, דורון עברח, יוסף לוי, יצחק ג'רבי וטומי מרקוביץ - תוך שהם מצהירים על רכישת המבנה כמות שהוא. על-רקע זה נחתם הסכם נוסף בינה לבין הוועד, אשר שב ואשרר את ההסכמים הקודמים. בשנת 2012 הגיש טומי מרקוביץ לוועדה המקומית לתכנון ובנייה בקשה להיתר לפיו רק הקומה הראשונה תמשיך לשמש כבית כנסת, בעוד עזרת הנשים ושלוש קומות חדשות ישמשו למגורים. הוועדה אישרה את השימוש בבית הכנסת בקומת הקרקע בלבד, ומאז לא התקדמו הליכי התכנון.

בשנת 2018 קבע בית המשפט המחוזי בתל אביב (השופט דורון חסדאי), כי אין לאפשר את הבנייה הנרחבת שביקשו לבצע הרוכשים, שכן משמעותה הייתה גריעת 46% משטח בית הכנסת - בניגוד להסכמים בין הקרן לבין הוועד. עמית דחה את ערעורם באומרו, כי הרוכשים קנו את הבניין כאשר על גבו "גיבנת משפטית" בדמות החובה להמשיך ולהפעילו כבית כנסת. הוא אינו מקבל את פרשנותם, לפיה די בכך שיהיה בבניין בית כנסת בכל גודל שהוא.

עמית דוחה גם הטענה, לפיה פסיקתו של המחוזי מעקרת את הכדאיות הכלכלית של העסקה, באומרו שאין בכך כדי לאמץ פרשנות שאינה עולה בקנה אחד עם ההתחייבות שנטלו על עצמם ברוכשם, כאמור, את המבנה כמות שהוא. הוא מציין, כי הרוכשים כלל לא יצרו קשר עם הוועד לפני הרכישה - מתוך עצימת עיניים, מתוך התרשלות או מתוך תקווה שיגיעו איתו להסכם בהמשך. "כך או כך, החיוב של הקרן כלפי בית הכנסת קדם לרכישת המקרקעין על-ידי המערערים; ואין בעסקת המכר בין הקרן למערערים, כשלעצמה, כדי להשליך אחורנית על היקף החיוב כלפי בית הכנסת, שהרי הקרן לא יכלה להעביר לידי המערערים יותר מכפי שהיה לה".

לצד זאת מדגיש עמית, כי אין מקום לאמץ מראש את גישת הוועד ולפיה אין לאשר בנייה שתגרע אפילו מטר אחד משטח בית הכנסת. "לא דומה פרויקט בנייה המבטיח שמירה על מאפייניו של בית הכנסת, לפרויקט בנייה הגורע עשרות אחוזים משטחו", הוא מדגיש, ומציע מספר מתווים תיאורטיים שיאפשרו בנייה. על-רקע זה מסיים עמית באומרו:

"כל המביט על ההתדיינות הענפה שמנהלים הצדדים מזה שנים, אינו יכול שלא להתעצב אל ליבו. דומה כי לא זו בלבד שהצדדים לא ברחו מפני המחלוקת, אלא שלא החמיצו הזדמנות להוסיף קיסם למדורת המחלוקת, וריבוי ההליכים שננקטו על כל צעד ושעל יוכיח. על כך יש להצר. בהיבט זה, פסק דיננו, הגם שהוא סופי, אינו סוף פסוק. יש לקוות כי הצדדים ישכילו להגיע לפתרון מוסכם בדרכי פשרה ושלום, ולא יקשיחו את לבם אל מול טובת חבריהם. פתרון הולם - שמחד-גיסא יבטיח כי קדושת בית הכנסת תישמר, בבחינת 'מעלין בקודש ואין מורידין', ומאידך-גיסא יאפשר לבעלי הקרקע לממש את הזכות שרכשו על-פי דין במיליוני שקלים טבין ותקילין - הוא בהישג יד".

הרוכשים חויבו בתשלום הוצאות בסך 20,000 שקל. השופטים ג'ורג' קרא ויעל וילנר הסכימו עם עמית. את הרוכשים ייצגו עוה"ד אבי וינרוט ואריק מגידיש; את הוועד ייצגו עוה"ד אריה שרעבי, ריקי חדד ונועה צ'צ'יק; ואת רשם ההקדשות - עו"ד נעמי זמרת.