בתי המשפט הצבאיים באזור יהודה, שומרון וחבל עזה, אשר היו חלק מיחידת הפרקליטות הצבאית, הופכים היום (ה', 1.4.04) ליחידה עצמאית, הכפופה לנשיא בתי הדין הצבאיים.
מטרת המהלך, שנעשה ביוזמת הפרקליט הצבאי הראשי, אלוף מנחם פינקלשטיין, היא, בין היתר, להדגיש את עצמאותם של בתי המשפט הצבאיים.
בתי המשפט הצבאיים באזור יהודה, שומרון וחבל עזה מופקדים על שיפוט פלשתינים החשודים בביצוע עבירות ביטחוניות ופליליות, ועל קיום ביקורת שיפוטית ביחס לצווי מעצר מינהליים המוצאים נגד פלשתינים.
מנתוני דובר צה"ל עולה, כי בבתי המשפט הצבאיים, אשר בראשם עומד קצין בדרגת אלוף-משנה, הוגשו בשנת 2003 כתבי אישום נגד למעלה מ-7,800 נאשמים, והסתיים משפטם של למעלה מ-6,600 נאשמים.