מערך החקירות האפידמיולוגיות לא עמד ביעדים שהוצבו לו, אלפי חולים מאומתים סירבו לשתף פעולה עימו ולא נעשה דבר נגדם. כך מגלה (יום ג', 31.8.21) מבקר המדינה, מתניהו אנגלמן, בדוח על ההתמודדות עם הקורונה. למערך זה יש חשיבות מרובה, במיוחד לאחר שבג"ץ הורה לצמצם למינימום את השימוש באמצעי האיתור של השב"כ. אנגלמן מציין, כי עד ינואר השנה - 48% מבין החולים המאומתים אותרו קודם לכן כמגעים של מאומתים באמצעות השב"כ או החקירות האפידמיולוגיות.

בתקופה שמנובמבר 2020 עד אפריל 2021 עמד פרק הזמן מקבלת תוצאת בדיקה חיובית ועד לפתיחת החקירה (ממוצע שבועי) על 12-5 שעות. בנוגע לתקופה שעד פברואר 2021, מדובר בחריגה מהיעד שנקבע - שעתיים. כל עוד מספר המאומתים החדשים ביום לא היה יותר מ-3,000, שיעור החקירות שהושלמו לא ירד מ-95%. אולם מעל לרמה זו - שיעור החקירות שהושלמו החל לרדת, ובתקופת השיא של התחלואה (ינואר 2021) הוא עמד על 89%. לאחר מכן, עם הירידה בתחלואה, עלה שיעור החקירות שהושלמו.

היעד שהציבה מפקדת אלון - היחידה בפיקוד העורף שהופקדה על המאבק בקורונה - לגבי מספר המגעים שיש לאתר בחקירות ושהיה תקף עד פברואר 2021 היה לפחות עשרה. מערך החקירות עמד ביעד ב-5% בלבד מהחקירות באוקטובר 2020, ב-20% במחצית דצמבר וב-8% בסוף ינואר 2021. לאחר הורדת היעד לשישה מגעים מפברואר 2021, עמדה מפקדת אלון ביעד זה. מתחילת נובמבר 2020 ועד מחצית ינואר 2021 לא הושג היעד שקבעה מפקדת אלון לזיהוי מקור החשיפה - 50% מהחקירות, למעט תקופות מסוימות בהן זוהו מקורות החשיפה ב-48%-47% מהחקירות. יעד נוסף היה לזהות ארבעה מקומות שהייה של החולים; בין ספטמבר אשתקד לינואר השנה זוהו רק 3.6-0.5 מקומות.

כ-4,500 מאומתים (מבין 720,000 עד אפריל השנה) לא שיתפו פעולה עם החקירה. בהתחשב בכך שנדרש לאתר לפחות עשרה מגעים, אותם מאומתים היו עלולים לכאורה לייצר רבבות מגעים אפשריים להדבקה, ובכך להגדיל את שיעור התחלואה. משרד הבריאות לא דן בהמלצת קבינט המומחים הלאומי לשקול במקרים הנדרשים לדרוש ממי שנעשית לגביו חקירה אפידמיולוגית להצהיר על נכונות המידע שמסר, ולהבהיר לו את המשמעות של מסירת מידע לא מדויק ואת ההשפעה שיש לכך על התחלואה בקרב סביבתו הקרובה. ממילא לא התקבלה החלטה אם לאמץ את ההמלצה. משרד הבריאות העביר למשטרה מקרה אחד בלבד של אי-שיתוף פעולה, לצורך חקירה.

בתקופה שנבדקה חלה עלייה בשיעור החולים שאושפזו במצב בינוני או קשה אשר עלו קודם לכן כמגעים קרובים בחקירות האפידמיולוגיות - מ-8% בספטמבר אשתקד ל-19% במארס השנה; השיא היה בסוף פברואר - 28%. ואולם היעד שקבעה מפקדת אלון (30% עד סוף ינואר 2021 או 33% מתחילת פברואר) לא הושג.

מפרוץ המגיפה ועד אמצע מארס השנה לא הייתה למשרד הבריאות גישה מקוונת למידע של משרד החינוך על תחלואת תלמידים וצוותי הוראה. הסיבות העיקריות לכך היו הצורך להסדיר את היבטי אבטחת המידע וכן להגן על פרטיות התלמידים וצוותי ההוראה. הדבר מנע ממשרד הבריאות זיהוי מהיר בכל רגע נתון של התפרצויות במוסד החינוכי, בכמה מוסדות באותה רשות או ברשויות סמוכות.

משרד הבריאות לא קבע מדיניות בנוגע להפצת תוצאות תחקירים אפידמיולוגיים (חקירות אפידמיולוגיות של אירועי התפרצות משמעותיים) לכלל הציבור, ובפועל תוצאות התחקירים הופצו רק במפקדת אלון. בסוף נובמבר אשתקד המליץ לראשונה קבינט המומחים הלאומי למשרד הבריאות ליידע את הציבור באופן שוטף על תוצרי חקירות כאלו, אך נכון לפברואר השנה - התוצרים לא הופצו לציבור. לבסוף חוזר המבקר על נתון שהיה ידוע בזמן אמת: יישומון "המגן" (המאפשר איתור קרבה של אנשים למאומתים העלולה לגרום להדבקתם) לא ענה על המצופה ממנו, ומידת השימוש בו הייתה מועטה - 976,238 התקנות בלבד (קצת יותר מ-10% מתושבי ישראל).

לחיוב מציין המבקר, כי שיעור החקירות שבהן לא אותרו כלל מגעים ירד מ-11% במחצית ספטמבר אשתקד ל-1% בסוף נובמבר ונשאר בשיעור זה לערך עד סוף אפריל השנה; הדבר מצביע על שיפור ביכולת לאתר מגעים. מתחילת דצמבר 2020 ועד אמצע ינואר 2021 חל גידול במספר החקירות היומי הממוצע בכל מערכי החקירות, במקביל לעלייה במספר המאומתים היומי: מ-1.8 לארבע חקירות בממוצע שביצעו מתשאלי הרשויות המקומיות; מ-2.3 ל-6.4 חקירות בממוצע שביצעו מתשאלי משרד הבריאות; מ-1.8 חקירות ל-4.6 חקירות בידי מתשאלי צה"ל.