התנועה למען איכות השלטון עתרה (א, 28.11.04) לבג"צ נגד מה שהיא מכנה "האפלייה המתמשכת של משרד החינוך בחלוקת תקציב החינוך, תוך העדפתם של "מרכז החינוך העצמאי" ו"מעיין החינוך התורני" על-פני מוסדות חינוך מוכרים אחרים, "בניגוד לדין ותוך פגיעה עמוקה בערכי השוויון, הצדק והמנהל התקין".
התנועה עתרה נגד שרת החינוך והתרבות, שר האוצר, ממשלת ישראל, היועץ המשפטי לממשלה, מוסד החינוך "מרכז החינוך העצמאי" ומוסד החינוך "מעיין החינוך התורני".
במרכז עתירה זו עומדת החלטתו של משרד החינוך לתקצב מוסדות חינוך מוכרים שאינם רשמיים באופן אותו מגדירה התנועה לאיכות השלטון "כאופן מפלה", תוך העדפתם של "מרכז החינוך העצמאי" ו"מעיין החינוך התורני" על-פני מוסדות חינוך מוכרים שאינם רשמיים אחרים, וביניהם מוסדות דתיים וכן מוסדות חינוך מוכרים ורשמיים.
לטענת העותרת הדבר אינו עולה בקנה אחד עם חוק יסודות התקציב ועם עקרון השוויון. התנועה כתבה בעתירתה, כי "מדיניות זו של משרד החינוך, לפיה - למעשה - ילד אחד שווה יותר מילד אחר, פוגעת בעקרון השוויון", וכן ש"מדיניות זו נגועה בחוסר סבירות קיצוני הגובל בשרירותיות".
עוד כתבה התנועה בעתירתה, כי "השוויון, הינו מעקרונות היסוד המחייבים את רשויות המנהל בכל פעולותיהן. לטענת העותרת המדובר בכספי ציבור ואלו המחלקים אותם, נאמני ציבור הם, ולפיכך "נר השוויון הוא הצריך לעמוד לרגליהם".
התנועה הדגישה, כי מטרתו המוצהרת של דוח שושני היתה לייצר מנגנון שוויוני של חלוקת הכספים. לפיכך, מסקנתו כי יש להפלות לטובה את "מרכז החינוך העצמאי" ו"מעיין החינוך התורני" איננה נובעת מתוך המטרה אליה כיוון, אלא היא תוצאה של פרשנות שגויה של חוק יסודות התקציב בעניין זה.
התנועה ביקשה מבג"צ להוציא צווים על תנאי כנגד שרת החינוך והתרבות, שר האוצר וממשלת ישראל, המורה להם לנמק מדוע לא יממנו את כלל מוסדות החינוך המוכרים שאינם רשמיים במדינת ישראל, על בסיס שוויוני, ענייני והוגן, כנדרש על-פי דין וכללי מנהל תקין ובכללם חוק יסודות התקציב, ומדוע "לא יחדלו להעדיף או להפלות לטובה את מוסד החינוך "מרכז החינוך העצמאי" ומוסד החינוך "מעיין החינוך התורני" על-פני יתר מוסדות החינוך המוכרים שאינם רשמיים".
כמו-כן, ביקשה התנועה צו על תנאי המורה לגורמים שצויינו לנמק מדוע זוכים "מרכז החינוך העצמאי" ו"מעיין החינוך התורני" להעדפה על-פני כלל מוסדות החינוך המוכרים שאינם רשמיים בכך שהם מקבלים 100% מהתקצוב האפשרי, במידה והם מקיימים מדיניות רישום אינטגרטיבית, זאת בשעה שמוסדות חינוך מוכרים שאינם רשמיים אחרים זכאים רק ל-75% באותם תנאים.
"מדוע יקבלו הם 90% מהמימון במידה ואין הם מקיימים מדיניות רישום אינטגרטיבית, בשעה שמוסדות חינוך מוכרים שאינם רשמיים אחרים זכאים לקבל בתנאים מקבילים רק 65% מהמימון, ובשעה שלמוסדות חינוך רשמיים אין אפשרות לבחור להנהיג מדיניות רישום שאינה אינטגרטיבית", תוהה התנועה לאיכות השלטון.
התנועה אף ביקשה צו על תנאי כנגד היועץ המשפטי לממשלה, המורה לו להסביר מדוע לא ינחה את שרת החינוך והתרבות, שר האוצר וממשלת ישראל לפעול כדי לשנות את חוסר השוויון האמור.
נתניהו היה חייב להתפטר דקה אחת לפני הרצי הלוי ורונן בר 
