התנועה לאיכות השלטון עתרה לבג"צ (יום ג', 12.4.05) נגד משרד הפנים, על כך שב-11 רשויות מקומיות אין מבקר פנים, בניגוד מוחלט לחוק.
בעתירה שהוגשה באמצעות עוה"ד אליעד שרגא, ברק כלב ודפנה קירו, ביקשה התנועה צו על-תנאי נגד ראשי הרשויות המקומיות: אור עקיבא, אליכין, בית דגן, שדרות, תמרה, מעיליא, עג'אר וקציר חריש, המורה להם לנמק מדוע לא יפעלו לאלתר וימנו מבקר פנימי לעיריות ולמועצות המקומיות שהם עומדים בראשן, וזאת היות ונטען כי הם נמנעים בתירוצים שונים ממינוי מבקר, חרף דרישות החוק, חרף בקשות העותרת וחרף הנזק הממשי אשר נטען כי נגרם בכך לעיריות והמועצות אשר הם עומדים בראשן.
כמו-כן ביקשה התנועה צו על-תנאי נגד ראשי הרשויות המקומיות שגב שלום, דיר חנה ומעלה עירון, העושים לדברי התנועה "שימוש ציני" בהליכי בית משפט כאמתלה לאי מנוי מבקר, המורה להם לנמק מדוע לא יפעלו לאלתר בכל דרך העומדת לרשותם על-פי דין למינויו של מבקר - ובראש בראשונה, מדוע לא יפעלו להחשת ההליכים התלויים ועומדים בפני בית המשפט בעניין זה, ובכלל זאת להגיש לבית המשפט בפניו העניין תלוי בקשה לבירור והכרעה דחופים בעניין מנוי המבקר.
כן מבקשת התנועה, כי יוצא צו המורה לשר הפנים, לממונים על המחוזות לנמק מדוע הם נמנעים משימוש בסמכותם למנות מבקר במועצה או בעיריה המפרה את חובתה על-פי דין ונמנעת מכך, זאת אף-על-פי שהם מודעים לעובדה כי הרשויות המקומיות אינן ממנות מבקרי פנים בניגוד מפורש לחוק כבר במשך שלוש שנים.
במרכז העתירה עומד מחדלם כביכול של ראשי הרשויות המקומיות והרשויות בראשן הם עומדים, וכן מחדלם כביכול של הממונים על המחוז למנות מבקר פנימי לעיריות ולמועצות המקומיות. הימנעות זו ממינוי מבקר פנימי, עומדת לסברי התנועה "בניגוד גמור ובוטה ללשון החוק, לכללי המנהל התקין ובכללם, חובת הרשות לפעול כנאמן הציבור".
בשנת 2004 פורסם "דוח ביקורת רואי חשבון ברשויות המקומיות" אשר עורר סערה גדולה בציבור, בקשר עם התנהלות הרשויות המקומיות בשנת 2003. את הסקר ערך משרד הפנים, ושר הפנים אופיר (פז) פינס מיהר להגיב כי משרדו לא יקל ראש בממצאי הדוח אשר הוכן על-ידי מאות רואי חשבון אותם מינה משרד הפנים לעריכת ביקורת בכל אחת מן הרשויות המקומיות במדינת ישראל, והוא כלל ממצאי ביקורת עיקריים בכל אחת ממאות הרשויות המקומיות.
עוד נטען, כי מניתוח רוחבי שנעשה על-ידי מחלקת המחקר של התנועה, התברר כי ראשי הרשויות המוזכרות בעתירה לא מינו ברשויותיהם מבקר פנימי. נמסר גם כי סטודנטים של הקליניקה לאיכות השלטון מהאוניברסיטה העברית אשר פועלים במסגרת הקו הפתוח של המחלקה לפניות הציבור בתנועה, החלו לפעול כנגד רשויות בהן נמצא כי אין מבקר פנימי בניגוד להוראת החוק המפורשת הדורשת כי ימונה לרשות מקומית מבקר.
עוד נטען כי מבדיקת התנועה, מציירים דוחות הביקורת של רואי החשבון מטעם משרד הפנים ברשויות הללו תמונה קודרת ביותר של התנהלות המנוגדת לדין ולכללי מנהל תקין בחזית רחבה של עניינים באותן רשויות ממש. ממילא, נטען, ברור כי ליקויים אלה מתבצעים בחסות העדר ביקורת פנימית בשל אי מנוי מבקר ברשויות אלו.
(בג"צ 3582/05)