היחידה הארצית לחקירות הונאה העבירה (יום א, 22.5.05) לידי הפרקליטות את מסקנותיה, בנוגע לחקירה שהתנהלה נגד הרב הראשי יונה מצגר. על-פי ממצאי המשטרה, קיימת תשתית ראייתית להעמיד את הרב מצגר לדין פלילי בגין חשד לעבירות של קבלת דבר במירמה והפרת אמונים.
התיק הועבר לפרקליטות מחוז ירושלים, שם תתקבל החלטה האם להמליץ ליועמ"ש, מני מזוז, להגיש כתב אישום נגד הרב מצגר. ההחלטה הסופית נתונה בידי מזוז.
מייד לאחר ההחלטה אמר היועמ"ש מזוז, כי מבחינה משפטית אין מניעה שמצגר ימשיך בתפקידו. קודם לכן הביע היועמ"ש את עמדתו, כי אם ימצאו בחקירת המשטרה ראיות לעבירות מצד הרב מצגר, אזי ראוי שהרב ישעה עצמו עד להכרעה הסופית בעניינו. מזוז הדגיש, כי אין מדובר בצעד המתחייב מבחינה משפטית, אלא בצעד המתחייב מבחינה ציבורית למען "ניקיון הדעת הציבורי".
המשטרה קובעת בהחלטה, כי קיימת תשתית ראייתית נרחבת להעמדת הרב הראשי לדין, וזאת על-בסיס החקירה שהתמקדה בין היתר בעבירות של אירוח שקיבל מצגר בבית מלון "מצודת דוד" בירושלים, ללא תשלום.
הרב הראשי יונה מצגר בירך על כך שהמשטרה סיימה את חקירתה. לדבריו, הוא בטוח בחפותו המלאה והביע ביטחון שפרקליטות המדינה תסגור את תיק החקירה לאחר שמעולם לא קיבל דבר במרמה. הוא ציין, כי כל שנעשה - נעשה כשורה ובהתאם לנהלים.
הפרשה נחשפה בערוץ 2 ולפיה בין השאר, במהלך חג פסח ב-2004 התארח הרב מצגר עם בני משפחתו בשני חדרים במלון מצודת דוד בירושלים, והתבקש לשלם אך ורק תשלום בסיסי עבור הסעודות במלון.
מצגר נחשד שקיבל טובות הנאה בסכום כולל של עשרות אלפי שקלים מבית המלון מצודת דוד בירושלים, בו התארח עם בני משפחתו בתקופות החגים בשנים האחרונות. במסגרת התחקיר הוצגו רישומי המלון, בהם הוגדרו החדרים בהם שהו בני משפחת מצגר: "חינם". בחקירה נמצא שמנכ"ל המלון אישר את ההטבות. ברישומי הנהלת המלון נכתב כי "נוכחות הרב הראשי לישראל היוותה מקור מצוין מצוין ליחסי ציבור".
יצויין, כי בתקופה בה שהה הרב הראשי בבית המלון ובמהלך כל השנה מימנה המדינה שכר דירה בגובה 1,500 דולר עבור דירה ששכר מצגר בשכונת רחביה בירושלים, בדיוק למטרות שהיית הרב בבירה במהלך החגים. בחקירתו אמר הרב, בין היתר, כי חוזה הדירה ששכר ברחביה קובע שבעל הדירה יכול לחזור לדירתו בחגים ובמקרה כזה ייאלץ הרב לצאת מן הדירה.
במהלך החקירה התברר, כי הרב התארח במלון גם בחגים נוספים. הרב הציג קבלות ואישורים המעידים, לדבריו, כי אכן חשבון האירוח שולם. עוד טען הרב, כי למשרד ראש הממשלה הסדר מיוחד עם המלון וכי הוא שמשלם עבור שהותו של הרב הראשי בחגים. אולם תגובה רשמית שהוציאה לשכת ראש הממשלה הבהירה בנושא: "למשרד ראש הממשלה אכן יש הסדר מיוחד עם מלון מצודת דוד, אולם הוא אינו תקף לגבי הרבנות הראשית לישראל".
המשטרה קובעת בהחלטתה, כי קיימת תשתית ראייתית להעמיד לדין גם את ראש לשכתו של הרב, מאיר רוזנטל, ומספר עובדים בכירים בבית המלון.