שר הביטחון, שאול מופז, כינס בשעות הערב (ג', 12.7.05), זמן קצר לאחר הפיגוע בנתניה, בלשכתו שבתל אביב, דיון מיוחד עם ראשי מערכת הביטחון להערכת מצב בעקבות הפיגוע. בתום הישיבה, שנמשכה מספר שעות, הוחלט להטיל סגר כללי על שטחי רצועת עזה, יהודה ושומרון. בנוסף, תוגבר הפעילות נגד תשתיות הג'יהאד האיסלמי.