תא"ל (במיל.) שמואל זכאי מונה למנהל חטיבת הביטחון של רשות שדת התעופה. זכאי מונה לתפקיד כשנה לאחר שהודיע על התפטרותו מתפקידו כמפקד אוגדת עזה על-רקע חשד להדלפות לעיתון 'הארץ'.
זכאי יכנס לתפקיד לאחר השלמת ההליכים הפורמליים למינוי, ויחליף את מנהל הביטחון הפורש של נתב"ג, אבי רימון.
תפקיד מנהל חטיבת הביטחון של נתב"ג כפוף לחוק מינוי מנהלי ביטחון בגופים ציבוריים, הכרוך בפרסום מכרז ואישור על-ידי ועדת מכרזים. לתפקיד ניגשו 31 מועמדים, מתוכם הגיעו לראיון בפני הוועדה 10 מועמדים שעמדו בקריטריונים הנדרשים ותא"ל (מיל') זכאי נמצא כמועמד הראוי ביותר לתפקיד, תוך בחירתו פה אחד. בוועדה נטלו חלק השר לשעבר חיים קורפו כנציג ציבור, נציגי משטרת ישראל ונציגי שירות הביטחון הכללי.
תת אלוף (מיל.) שמואל זכאי, בן 42, פרש מצה"ל בשנת 2004 לאחר 23 שנות שירות. בתפקידו האחרון שימש כמפקד אוגדת עזה. ביום 4.11.04 הגיש תא"ל (במיל.) זכאי את התפטרותו לרמטכ"ל דאז, משה (בוגי יעלון). הרקע להתפטרות: חשד שהתעורר לגבי זכאי כי הדליף מידע לעיתון 'הארץ' בעניין מחלוקת בין צה"ל לממשלה לגבי המשך מבצע "ימי תשובה" בצפון הרצועה, חשד שאומת בבדיקת הפוליגרף שנערכה לו באחרונה.
כמו כן, בין תא"ל זכאי לאלוף הראל חילוקי דיעות עמוקים זה תקופה ארוכה, אשר באו לידי ביטוי בוויכוחים מהותיים בשאלת אופי ניהול הלחימה ברצועת עזה.
בתפקידו בצבא שימש זכאי כמפקד אוגדת הערבה והנגב וכמפקד חטיבת גולני. זכאי בעל תואר ראשון במדעי החברה מאוניברסיטת תל אביב ובוגר המכללה לפיקוד ומטה של צה"ל.